Эпидемиология и Инфекционные болезни. Актуальные вопросы №2 / 2019
Генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в Гвинейской Республике в 2015–2017 гг.
1) ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия;
2) ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора, Саратов, Россия;
3) ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово,
Новосибирская область, Россия;
4) Исследовательский институт прикладной биологии Гвинеи, г. Киндия, Гвинейская Республика
Несмотря на широкое распространение ВИЧ-инфекции в Африке, особенности эпидемии в ряде стран этого континента изучены недостаточно.
Цель исследования. Молекулярно-биологический анализ вариантов ВИЧ, циркулировавших на территории Гвинейской Республики в 2015–2017 гг.
Материалы и методы. Была собрана коллекция образцов плазмы крови (n = 5566) от граждан, проживающих в Гвинейкой Республике, и проанализирована на наличие ВИЧ-инфекции. Исследованы нуклеотидные последовательности (сиквенсы) гена pol ВИЧ-1 в ВИЧ-позитивных образцах, определены структура и уровень лекарственной устойчивости вируса.
Результаты. У 200 (3,59%) лиц была выявлена инфекция ВИЧ-1. Случаев инфекции ВИЧ-2 обнаружено не было. Получены сиквенсы для 35 образцов, из них 30 (85,71%) относились к AG-рекомбинантам, 6 (17,14%) содержали мутации устойчивости к НИОТ и ННИОТ.
Основной постулат в гипотезе появления и распространения ВИЧ-инфекции в мире указывает на то, что «колыбелью» этой пандемии является Центральная Африка [1–5]. Анализ первого в истории образца вируса, ZR59, полученного в 1959 г. в провинции Киншаса (столица Демократической Республики Конго), и сравнение его генома с другими образцами, собранными в этом регионе в более поздние сроки, позволили предположить, что в 20-е годы прошлого века произошло первое инфицирование человека вирусом группы SIV от шимпанзе [3].
Несмотря на то что к настоящему времени вирус распространился по всему земному шару, Африканский континент является лидером как по количеству инфицированных людей, так и по степени вирусного разнообразия.
По данным ЮНЭЙДС, на 2016 г. в Гвинейской Республике (ГР) было зарегистрировано 120 000 человек, живущих с ВИЧ, а от СПИДа умерли 5 800 человек. Наибольшее число ВИЧ-инфицированных отмечено в столице государства г. Конакри, а также в регионе Лесная Гвинея на юго-востоке страны, граничащем с Кот-д’Ивуаром, Либерией и Сье́рра-Лео́не. Так, в 2005 г. распространённость ВИЧ в Конакри составляла 5%, а в Лесной Гвинее – 7% [6]. Наиболее уязвимыми группами в ГР являются мужчины, имеющие секс с мужчинами (МСМ) (56,6% случаев), работники коммерческого секса (14,2%) и заключенные (8,5%) [7].
Доминирующим на сегодняшний день вариантом вируса в ГР является рекомбинантная форма ВИЧ-1 CRF02_AG, выявляемая разными авторами с различной частотой: 89% [8], 59,6% [9] и 73% [10]. В настоящее время в международной базе данных Национальной лаборатории Лос-Аламос (Los Alamos National Laboratory, США) депонированы всего 120 нуклеотидных последовательностей ВИЧ-1 из ГР, 80,8% которых относятся к CRF02_AG [11].
Кроме того, опубликованы данные о циркуляции в стране нерекомбинантных вариантов ВИЧ-1. В первую очередь это касается субтипов D и F. Доля каждого из них, по данным 2012 г., не превышала 20% в общей вирусной популяции [9]. Так, в исследовании, проведенном в 2014 г. с образцами от 136 ВИЧ-инфицированных, вирус субтипа D был выявлен лишь у 2 пациентов [10]. Также с небольшой частотой в Гвинее выявляют вирусы субтипов A: по данным Национальной лаборатории Лос-Аламос, примерно в 3% случаев [5]. Стоит отметить сходство выявляемого на территории ГР варианта ВИЧ-1 субтипа А1 и преобладающего на территории России и стран СНГ варианта IDU (FSU)-A. По данным молекулярно-филогенетического анализа, вариант А1, циркулирующий в Гвинее, с высокой вероятностью может быть предком варианта ВИЧ-1, доминирующего на территории СНГ [12].
Наконец в ГР в разное время в единичных случаях были выявлены такие редкие рекомбинантные комплексные формы, как CRF06_cpx [10] и CRF09_cpx [8].
Что касается циркуляции ВИЧ-2, то в самой ГР частота встречаемости этого вируса невелика – не более 5% [9]. Тем не менее он широко представлен в соседних с ГР государствах: Сенегале, Гамбии, Кот-д’Ивуаре и Гвинее-Бисау [13], что создает предпосылки для роста числа...
