Клональные группы уропатогенных Escherichia coli, выделенных в Российской Федерации в 2004–2019 гг.

Цель исследования. Идентификация и характеристика клональных групп E. coli, выделенных от пациентов с инфекциями мочевыводящих путей в Российской Федерации в 2004–2019 гг.
Материалы и методы. Штаммы E. coli (n = 303), выделенные в 2004–2019 гг. из образцов мочи пациентов с урологическими диагнозами. В работе использованы микробиологические, молекулярно-генетические и биоинформатические методы оценки резистентности и вирулентности, а также молекулярно-генетические методы идентификации филогенетических групп, О-групп и сиквенс-типов.
Результаты. Показано широкое распространение в России уропатогенных штаммов клональной группы O25-B2-ST131, кроме того, выявлены клональные группы O2-B2-ST141, O89-A-ST744, O4/O6-B2-ST127, B1-ST58, D-ST69, O2/O6-B2-ST73, A-CC10 и O75-B2-CC14.
Заключение. Оценка распространения клональных групп уропатогенных штаммов в России позволяет оценивать эпидемическую ситуацию, прогнозировать ее развитие в будущем, а также определять оптимальные направления терапии.

Escherichia coli − постоянный обитатель кишечного тракта млекопитающих и птиц. Подавляющая часть популяции E. coli являются представителями нормальной микробиоты макроорганизма, меньшая часть способна вызывать многочисленные патологические процессы у человека и животных, включая кишечные и урологические заболевания, системные поражения (бактериемию, сепсис), менингит и другие заболевания [1]. Уропатогенные Escherichia coli (УПЭК) вызывают 90% внегоспитальных и 50% госпитальных инфекций мочевыводящих путей (ИМВП) [2]. УПЭК-инфекции вызывают не только чувствительные (S), но и преимущественно резистентные (R) и множественно резистентные (MDR) штаммы [3, 4]. Фенотип MDR ассоциирован с наличием генетических детерминант, определяющих устойчивость к бета-лактамам, аминогликозидам, сульфаниламидам и другим антимикробным препаратам (АМП), а также с присутствием интегронов [5]. К генетическим детерминантам, ассоциированным с проявлением патогенных свойств УПЭК, относят гены адгезинов, токсинов, сидерофоров, протектинов и др. [5].

Штаммы УПЭК характеризуются высокой степенью генетической гетерогенности, поэтому важное эпидемиологическое значение имеет внутривидовое молекулярно-генетическое типирование, позволяющее определить принадлежность штаммов к филогенетическим группам (A, B1, B2, D, E, F или клада I), О-группам и сиквенс-типам. Совокупность указанных признаков штамма определяет клональную группу штамма E. coli [6]. Наиболее распространенной клональной группой УПЭК в мире считается O25-B2-ST131, впервые задокументированная в 2008 г. и выделенная во многих странах. Широко распространены в мире также клональные группы УПЭК D-ST405, A-CC10, O6-B2-ST73, O1/O2/O18-B2-ST95, D-ST117, O75-B2-CC14, O15-D-ST393 и O11/O17/O73/O77-D-ST69 [6–10]. Публикации об идентификации клональных групп УПЭК-штаммов, выделенных в Российской Федерации, отсутствуют.

Цель исследования – идентификация клональных групп E. coli, изолированных от пациентов с ИМВП в Российской Федерации в 2004–2019 гг., а также определение у них генов вирулентности, фено- и генотипов антибиотикорезистентности.

Материалы и методы

Использованные в данном исследовании материалы не содержат персональных данных пациентов. В соответствии с требованиями Биоэтического комитета Российской Федерации каждый пациент подписывал информированное согласие на проведение лабораторных исследований. Исследовали штаммы E. coli (n = 303), выделенные из образцов мочи пациентов с урологическими диагнозами в 2004–2019 гг. Штаммы получены из НИИ урологии и интервенционной радиологии им. Н.А. Лопаткина (n = 161), Национального медицинского исследовательского центра акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова (n = 50), Московской медицинской академии им. И.М. Сеченова (ныне Первый МГМУ им. И.М. Сеченова) (n = 50), ИКБ № 1 Департамента здравоохранения Ярославской области (n = 20) и других источников (n = 22). Выделенные штаммы выращивали на плотной питательной среде «Питательная среда № 1 ГРМ-агар» (Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии, Оболенск) в чашках Петри в течение 18–24 ч при температуре 37 °C. Культуры хранили при температуре -70 °C в водном растворе 20% глицерина. Видовую идентификацию осуществляли на основе анализа свойств при выращивании штаммов на дифференциально-диагностических средах с последующим подтверждением вида микроба на приборе MALDI-TOF Biotyper (Bruker, Karlsruhe, Германия).

Резистентность к антимикробным препаратам определяли по уровню минимальных подавляющих концентраций 9 антимикробных препаратов 5 функциональных групп: бета-лактамов (

Слукин П.В., Фурсова Н.К., Светоч Э.А., Перепанова Т.С., Ершова М.Г., Полетаева Е.Д., Круглов А.Н., Припутневич Т.В.