Акушерство и Гинекология №3 (приложение) / 2024
МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ «ПРИМЕНЕНИЕ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ И МОЛЕКУЛЯРНОГО КАРИОТИПИРОВАНИЯ НА МИКРОМАТРИЦАХ В ПРЕНАТАЛЬНЫЙ ПЕРИОД»
Разработчик методических рекомендаций:
Российское общество акушеров-гинекологов (РОАГ)
Одобрено комитетом по медицинской генетике РОАГ
Для цитирования: Сухих Г.Т., Трофимов Д.Ю., Шубина Е., Дегтярев Д.Н. и др. Методические рекомендации «Применение высокопроизводительного секвенирования и молекулярного кариотипирования на микроматрицах в пренатальный период».
Акушерство и гинекология. 2024; 3 (Приложение): 25-43
https://dx.doi.org/10.18565/aig.2024.52
1. ВВЕДЕНИЕ
Высокопроизводительное секвенирование и молекулярное кариотипирование на микроматрицах широко используются для диагностики моногенных заболеваний и хромосомных нарушений. Сокращение сроков выполнения исследований обеспечило возможность применения этих методов диагностики пренатально, в том числе в рамках продолжающейся беременности. При этом вопрос о правилах проведения анализа и сообщения результатов стоит особенно остро, поскольку при продолжающейся беременности результаты исследования неизбежно влияют на принятие решений по пролонгированию или прерыванию беременности. В связи с этим не должен проводиться анализ вариантов, не имеющих отношение к показаниям к проведению исследования, а также вариантов в генах, для которых не описана связь с конкретными генетическими заболеваниями. Включение в заключение вариантов неопределенной клинической значимости целесообразно только в случаях, когда возможно уточнение значимости при проведении дополнительных исследований после обсуждения специалистами мультидисциплинарной команды.
Способы получения биоматериала накладывают дополнительные требования на наличие контролей качества. При проведении пренатального исследования необходим контроль уровня контаминации биоматериалом матери.
Из-за необходимости получения результатов в максимально короткие сроки тактика назначения исследований может отличаться от применяемой обычно. Предпочтительно одновременно проводить исследование плода и родителей, возможно одновременное назначение нескольких видов исследований.
Все особенности проводимого анализа и возможные результаты рекомендуется обсуждать с пациентами во время претестового консультирования и указывать в информированном согласии.
2. Список сокращений
- ВПР – врожденный порок развития
- ДНК – дезоксирибонуклеиновая кислота
- МК – мультидисциплинарная команда
- МПС – массовое параллельное секвенирование
- НИПС – неинвазивный пренатальный скрининг
- ОКС – обсуждение клинической ситуации
- РНК – рибонуклеиновая кислота
- ХМА – хромосомный микроматричный анализ
- aCGH – array-based comparative genomic hybridization (сравнительная геномная гибридизация)
- ACMG – American College of Medical Genetics and Genomics (Американский Колледж Медицинской генетики и геномики)
- ACOG – American College of Obstetricians and Gynecologists (Американский колледж акушеров и гинекологов)
- ClinGen – Clinical Genome Resource (ресурс, собирающий и определяющий клиническую значимость генов и вариантов для использования в медицине и исследованиях)
- CNV – copy number variations (вариация числа копий)
- FISH – fluorescence in situ hybridization (флуоресцентная гибридизация in situ)
- ISPD – International Society for Prenatal Diagnosis (Международное общество пренатальной диагностики)
- GUS – genes of uncertain significance (ген с неопределенной клинической значимостью)
- NGS – next generation sequencing (высокопроизводительное секвенирование)
- QF-PCR – quantitative fluorescent PCR (количественная флуоресцентная полимеразная цепная реакция)
- SNP – single nucleotide polymorphism (однонуклеотидный полиморфизм)
- SNV – single nucleotide variants (однонуклеотидный варианты)
- VUS – variant of uncertain clinical significance (вариант неопределенной клинической значимости)
3. ОБЩИЕ ПОЛОЖЕНИЯ
1. Настоящие методические рекомендации разработаны в целях повышения качества диагностического процесса в пренатальном периоде и включают правила и процедуры формирования лабораторного заключения по результатам анализа ДНК плода методами высокопроизводительного секвенирования (секвенирования панелей генов, полноэкзомного, полногеномного секвенирования) и молекулярного кариотипирования на микроматрицах, а также особенности информирования женщины (будущих родителей) о таких результатах. Материалом для анализа ДНК плода в пренатальный период обычно служат ворсины хориона, амниотическая жидкость, пуповинная кровь или абортивный материал.
2. Настоящие методические рекомендации базируются на международном и отечественном опыте использования технологий высокопроизводительного секвенирования и молекулярного кариотипирования на микроматрицах, закрепленном в рекомендациях профессиональных сообществ («Руководство по интерпретации данных последовательности ДНК человека, полученных методами массового параллельного секвенирования (MPS)» (ред. 2018 г., версия 2); «Технические стандарты для интерпретации и сообщения информации о конституциональных вариациях числа копий: совместная консенсусная рекомендация ACMG и ClinGen» (ред. 2020 г.); «Использование секвенирования экзома плода в пренатальной диагностике», ACMG (ред. 2020 г.); «Применение хромосомного микроматричного анализа при конституциональных и неопластических заболеваниях: технический стандарт», ACMG (ред. 2021 г.); «Клиническое применение геномного секвенирования плода во время беременности: заявление Канадского колледжа медицинских генетиков» (ред. 2022 г.); «Позиция ISPD по использованию геномного секвениро...
