Урология №1 / 2020
Микробиота органов урогенитальной системы
Кафедра эндоскопической урологии факультета непрерывного медицинского образования медицинского института ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов»
В статье представлен обзор современной литературы по исследованию микробиоты органов мочеполовой системы методами хромато-масс-спектрометрии и секвенирования мочи. При анализе микробиомы разных органов данные хромато-масс-спектрометрии и метод секвенирования показывают случаи заражения потенциальными патогенными микроорганизмами, которые часто пропускаются во время рутинного посева мочи из-за специфических требований роста.
Микробиом – это экосистема, в которой живут микроорганизмы и ресурсами которой они пользуются. Термин «микробиом» был впервые введен в 2001 г. для обозначения коллективных геномов микробиоты [1]. Микробиом человека представляет собой совокупность всех микробиот, которые находятся на тканях и биологических жидкостях человека или внутри них вместе с соответствующими анатомическими участками, в которых они находятся [2], включая кожу, молочные железы, плаценту, семенную жидкость, матку, фолликулы яичников, легкие, слюну, слизистую оболочку полости рта, конъюнктиву, желчевыводящие пути и желудочно-кишечный тракт. Микробиом каждого человека уникален и содержит в десятки раз больше клеток и в 100 раз больше генов, чем собственных генов человеческого организма. Вес микробиома зависит от массы тела и составляет от 1,2 до 3,5 кг. Человеческий микробиом регулирует многие жизненно важные процессы организма и даже влияет на поведение человека!
Микробиота – это термин, который используется для характеристики микробиоценоза (микрофлоры) отдельных органов и систем. Например, микробиота кишечника, микробиота кожи, микробиота органов мочевыделительной системы, микробиота грудного молока и т.д. [3; 4–5]. Другими словами, микробиотой, или микрофлорой, называют сами организмы (бактерии, грибы, вирусы, археи и другие простейшие), которые можно выделить из экосистемы и изучить (хотя часто термины «микробиом» и «микробиота» используют как синонимы).
Дисбаланс микробиоты связан с многочисленными заболеваниями, в том числе с воспалительными заболеваниями кишечника, органов мочеполовой системы и гениталий, рассеянным склерозом, сахарным диабетом, аллергией, астмой, аутизмом, раком и т.д. Обнаружение признаков, в широком смысле отличающие здоровую микробиоту от нездоровой, поможет в диагностике заболеваний, связанных с микробиотой, и потенциально может предоставить новые средства для предотвращения развития заболевания или улучшения прогноза. Между тем микробиота регулярно проявляет большую степень межличностного разнообразия даже в отсутствие заболевания. Это усложняет идентификацию простых микробных компонентов или дисбалансов, либо вызывающих, либо отражающих заболевание [4].
По мнению некоторых специалистов [3, 6], стандартная методика выявления микроорганизмов с помощью посева мочи и секрета простаты не отвечает современным требованиям, так как обнаруживает всего около 10 родов аэробных микроорганизмов из числа энтеробактерий, аэробных кокков и псевдомонад. Реальная частота абактериальных форм многих форм заболеваний, в частности простатита, из-за разного уровня оснащения бактериологических лабораторий и возможности метода определения микроорганизмов не известна. Недооценка и невыявление внутриклеточных возбудителей и вирусов как этиологических факторов заболевания ведут к хронизации заболевания и неудачам в лечении [3, 6]. Это в свою очередь способствует изменению методологии проведения исследований и поиску новых или усовершенствованию старых методик. В частности, некоторые авторы уходят от классических бактериологических методик и используют масс-спектрометрию и метод амплификации нуклеиновых кислот [4–8, 9].
По мнению Г. А. Осипова и соавт. (2016), существующая методология микробиологического обследования пациента в клинических лабораториях по разным причинам не позволяет выявлять большинство клинически значимых микробов из числа аэробных актинобактерий, всех анаэробов и других трудно культивируемых микроорганизмов. Число неучтенных микроорганизмов при обследовании каждого больного составляет сотни видов, так как давно известно, что в организме человека и в окружающей среде присутствует более 500 видов микроогранизмов, способных вызывать инфекционный процесс или воспаление. Лактобациллы и бифидобактерии, причисляемые к абсолютно полезным микробам, вызывают многие воспалительные процессы, в том числе септические состояния и эндокардит. Уже не вызывает сомнений тот факт, что инфекции и воспаление не являются моноэтиологичными, рано или поздно выясняется участие в них группы микроорганизмов, объединенных в генетически и трофически организованные сообщества, называемые биопленками [10].
Организм человека служит основным местом обитания микробов, в первую очередь анаэробов (доминанты микробиоты человека). Их места обитания – плотные мукопептиды слизистых оболочек кишечника, дыхательных путей, урогенитального тракта и закрытых от прямого доступа кислорода компартментов кожи. Для аэробов характерны другие места обитания. Современные научные представления о микроэкологии человека указывают на то, что аэробы вторичны в количественном (и функциональном) плане в нормальной и патологической физиологии его органов. Возбудители инфекций, кроме особо опасных, сосредоточены преимущественно внутри человека, а не в окружающей среде. Анаэро...
