Молекулярно-эпидемиологический анализ генетических вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в странах Восточной Европы и Центральной Азии в 2010–2019 гг.

Цель исследования. Характеристика генетических вариантов ВИЧ-1, циркулировавших на территории стран ВЕЦА в период 2010–2019 гг.
Материалы и методы. Были получены нуклеотидные последовательности фрагмента гена pol (2253–3344 н.п.) ВИЧ-1 образцов плазмы крови от ВИЧ-инфицированных пациентов из России (RU), Армении (AM), Азербайджана (AZ), Белоруссии (BY), Кыргызстана (KG), Таджикистана (TJ) и Узбекистана (UZ). Коллекция была дополнена нуклеотидными последовательностями из международной базы данных.
Результаты. В общей сложности был проведен анализ 1825 нуклеотидных последовательностей из исследуемых стран. Инфекция в результате незащищенного гетеросексуального контакта была доминирующим путем инфицирования (около 50%). Было отмечено снижение доли потребителей инъекционных наркотиков в период 2010–2019 гг. Доминирующими генетическими вариантами ВИЧ-1 были субсубтип A6 (64,82%), CRF63_02A1 (22,58%) и субтип B (7,40%). Причем доля CRF63_02A1 в странах Центральной Азии была значительно выше, чем в других странах ВЕЦА. Выявлено 48 уникальных рекомбинантных форм, 38 из которых были AG-рекомбинантами. Было сформировано 140 молекулярных кластеров, содержащих 369 (20,22%) последовательностей.
Заключение. Необходимы дальнейшие исследования генетического разнообразия ВИЧ-1 в регионе ВЕЦА и надзор за генерацией и распространением новых рекомбинантных форм ВИЧ-1.

Страны бывшего Советского Союза, многие из которых входят в состав содружества независимых государств (СНГ), исторически имеют общую историю и тесные социально-экономические связи. К несчастью, это приводит к тому, что масштабные эпидемии инфекционных заболеваний становятся общими для всех этих стран. Так произошло и с эпидемией ВИЧ-инфекции.

В регионе Восточной Европы и Центральной Азии (ВЕЦА) в период с 2010 по 2018 г. наблюдался тревожный рост ежегодных показателей заболеваемости на 29% [1]. В России, наиболее крупной стране региона, на конец 2020 г. было зафиксировано 1 492 998 чел. с подтвержденным диагнозом «ВИЧ-инфекция»1.

В настоящее время в мире описано 10 субтипов ВИЧ-1 [2, 3]. Однако для некоторых из них (например, для субтипа A) описан целый ряд генетических вариантов (A1–A8). Кроме этого, в мире выявлена циркуляция 118 рекомбинантных форм вируса [2].

Поскольку эпидемии ВИЧ-инфекции в странах ВЕЦА связаны между собой, картина генетического разнообразия ВИЧ-1 во всех странах региона имеет схожие черты.

В настоящее время на территории региона ВЕЦА циркулируют несколько генетических форм ВИЧ-1. Доминирующим вариантом является субсубтип A6, чье лавинообразное распространение по территории стран бывшего СССР началось в середине 1990-х гг. после его проникновения в среду потребителей инъекционных наркотиков (ПИН) [4–8]. Вторым наиболее часто встречающимся вариантом является рекомбинантная форма CRF63_02A1, в последние годы активно распространяющаяся в странах Центральной Азии и в Сибирском регионе России [7, 9]. Кроме этого, на постсоветском пространстве циркулируют 2 варианта ВИЧ-1 субтипа B: B Western, характерный для стран Западной Европы, и IDU-B, впервые выявленный в Николаеве (Украина) в начале 2000-х гг. [8, 10–12]. Наконец, отмечается циркуляция более редко встречающихся генетических форм: субтипа C в дальневосточном регионе России [10, 13], CRF03_AB в Калининграде и Беларуси [12, 14], субтипа G – отголоска нозокомиальной вспышки ВИЧ- инфекции – в Элисте (Россия) в 1988–1990 гг. [15, 16], а также BG-рекомбинантов, генетически близких к вирусам, циркулирующим в Испании и Португалии [15], и новых A6/B рекомбинантных форм, выявляемых в Москве [17].

Исторически в странах ВЕЦА не отмечалось достоверной разницы между генетическим разнообразием ВИЧ-1 в разных уязвимых группах. Исключение составляла лишь группа мужчин, практикующих секс с мужчинами (МСМ), где изначально доминировал B Western [11, 12, 17]. Однако исследование 2017 г. показало, что доля вируса субсубтипа A6 среди образцов от МСМ, собранных в 2006–2016 гг., составила 19,4%, что свидетельствует о размытии границ между группами риска в стране [11].

Во всех странах бывшего СССР одним из важнейших факторов распространения эпидемии ВИЧ-инфекции является миграция. Так, с конца 80-х гг. прошлого века и к началу 2000-х из одной только Армении эмигрировали около 1 млн чел., значительная часть которых обосновалась в России и странах СНГ, став постоянными или сезонными мигрантами. При этом, по разным данным, от 70 до 80% случаев ВИЧ-инфекции среди граждан Армении так или иначе было связано с миграцией [18, 19]. Более 90% образцов ВИЧ-1, собранных от граждан Армении в 2009–2010 гг., относилось к варианту A6, и лишь единичные случаи инфекции приходились на IDU- B, CRF02_AG и CRF03_AB [18]. В последние годы распределение вариантов ВИЧ-1 в стране изменилось незначительно. Так, в 2017–2019 гг. на долю субсубтипа A6 приходилось чуть более 87% образцов ВИЧ-1 с неизменной циркуляцией вируса субтипа B и отдельными случаями инфекции рекомбинантными формами вируса [19].

Практически идентичная картина по распространению генетических вариантов ВИЧ-1 характерна для соседствующего с Арменией Азербайджана. Несмотря на то что Азербайджан граничит с Ираном, исследования прежних лет указывают на то, что в Азербайджане доминирует генетический вариант A6 [20, 21]. Отмечаются лишь отдельные случаи инфекции такими вариантами, как IDU-B, CRF03_AB и A1, характерными для стран Восточной Африки [20]. В то же время в Азербайджане не описаны случаи инфекции доминирующим в Иране вариантом CRF35_A1D [2].

Доминирование субсубтипа A6 и циркуляция субтипа B еще в начале 2000-х гг. отмечались и в Беларуси [22].

В Киргизии отмечают инфекции как субсубтипом A6 и CRF63_02A1, так и субэпидемия CRF02_AG – генетического предка CRF63_02A1 [23].

В Узбекистане широко распространен CRF63_02A1, поскольку этот рекомбинант образовался именно в этой стране в 90-х гг. прошлого века. Вторым по распространению является вариант A6 [7, 12].

Хуже всего охарактеризовано генетическое разнообразие ВИЧ-1 в Таджикистане. В соответствии с международными базами данных в этой стране доминируют те же варианты, что и в других странах ВЕЦА: A6, CRF63_02A1 и CRF02_AG [2].

Ранее было проведено исследование, посвященное частоте встречаемости мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 среди пациентов из стран ВЕЦА без опыта терапии или прерывавших ее на срок более 3...

Лаповок И.А., Кириченко А.А., Шлыкова А.В., Салеева Д.В., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Ладная Н.Н., Мусабаев Э.И., Казакова Е.И., Ибадуллаева Н.С., Ибрагимова С.С., Сафарова А.М., Кадирова А., Нурляминова З., Исматова Л., Зухурова М., Холназаров Р., Бекболотов А.А., Нарматова Э.Б., Исканова Б.М., Григорян Т.Р., Петросян А.Р., Саргатян Т.А., Гасич Е.Л., Бунас А.С., Глинская И.Н., Покровский В.В.