Эпидемиология и Инфекционные болезни. Актуальные вопросы №3 / 2022
Молекулярно-эпидемиологический анализ генетических вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в странах Восточной Европы и Центральной Азии в 2010–2019 гг.
1) Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия;
2) Научно-исследовательский институт вирусологии, Ташкент, Узбекистан;
3) Республиканский Центр по борьбе со СПИДом, Баку, Азербайджан;
4) Научно-исследовательский институт легочных заболеваний, Баку, Азербайджан;
5) Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИД, Душанбе, Таджикистан;
6) Республиканский центр «СПИД» Министерства здравоохранения Киргизской Республики, Бишкек, Киргизия;
7) Ошский областной Центр СПИД Министерства здравоохранения Киргизской Республики, Ош, Киргизия;
8) Республиканский центр по профилактике СПИДа Министерства здравоохранения Республики Армения, Ереван, Армения;
9) Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии, Минск, Беларусь;
10) Республиканский центр гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья, Минск, Беларусь
Цель исследования. Характеристика генетических вариантов ВИЧ-1, циркулировавших на территории стран ВЕЦА в период 2010–2019 гг.
Материалы и методы. Были получены нуклеотидные последовательности фрагмента гена pol (2253–3344 н.п.) ВИЧ-1 образцов плазмы крови от ВИЧ-инфицированных пациентов из России (RU), Армении (AM), Азербайджана (AZ), Белоруссии (BY), Кыргызстана (KG), Таджикистана (TJ) и Узбекистана (UZ). Коллекция была дополнена нуклеотидными последовательностями из международной базы данных.
Результаты. В общей сложности был проведен анализ 1825 нуклеотидных последовательностей из исследуемых стран. Инфекция в результате незащищенного гетеросексуального контакта была доминирующим путем инфицирования (около 50%). Было отмечено снижение доли потребителей инъекционных наркотиков в период 2010–2019 гг. Доминирующими генетическими вариантами ВИЧ-1 были субсубтип A6 (64,82%), CRF63_02A1 (22,58%) и субтип B (7,40%). Причем доля CRF63_02A1 в странах Центральной Азии была значительно выше, чем в других странах ВЕЦА. Выявлено 48 уникальных рекомбинантных форм, 38 из которых были AG-рекомбинантами. Было сформировано 140 молекулярных кластеров, содержащих 369 (20,22%) последовательностей.
Заключение. Необходимы дальнейшие исследования генетического разнообразия ВИЧ-1 в регионе ВЕЦА и надзор за генерацией и распространением новых рекомбинантных форм ВИЧ-1.
Страны бывшего Советского Союза, многие из которых входят в состав содружества независимых государств (СНГ), исторически имеют общую историю и тесные социально-экономические связи. К несчастью, это приводит к тому, что масштабные эпидемии инфекционных заболеваний становятся общими для всех этих стран. Так произошло и с эпидемией ВИЧ-инфекции.
В регионе Восточной Европы и Центральной Азии (ВЕЦА) в период с 2010 по 2018 г. наблюдался тревожный рост ежегодных показателей заболеваемости на 29% [1]. В России, наиболее крупной стране региона, на конец 2020 г. было зафиксировано 1 492 998 чел. с подтвержденным диагнозом «ВИЧ-инфекция»1.
В настоящее время в мире описано 10 субтипов ВИЧ-1 [2, 3]. Однако для некоторых из них (например, для субтипа A) описан целый ряд генетических вариантов (A1–A8). Кроме этого, в мире выявлена циркуляция 118 рекомбинантных форм вируса [2].
Поскольку эпидемии ВИЧ-инфекции в странах ВЕЦА связаны между собой, картина генетического разнообразия ВИЧ-1 во всех странах региона имеет схожие черты.
В настоящее время на территории региона ВЕЦА циркулируют несколько генетических форм ВИЧ-1. Доминирующим вариантом является субсубтип A6, чье лавинообразное распространение по территории стран бывшего СССР началось в середине 1990-х гг. после его проникновения в среду потребителей инъекционных наркотиков (ПИН) [4–8]. Вторым наиболее часто встречающимся вариантом является рекомбинантная форма CRF63_02A1, в последние годы активно распространяющаяся в странах Центральной Азии и в Сибирском регионе России [7, 9]. Кроме этого, на постсоветском пространстве циркулируют 2 варианта ВИЧ-1 субтипа B: B Western, характерный для стран Западной Европы, и IDU-B, впервые выявленный в Николаеве (Украина) в начале 2000-х гг. [8, 10–12]. Наконец, отмечается циркуляция более редко встречающихся генетических форм: субтипа C в дальневосточном регионе России [10, 13], CRF03_AB в Калининграде и Беларуси [12, 14], субтипа G – отголоска нозокомиальной вспышки ВИЧ- инфекции – в Элисте (Россия) в 1988–1990 гг. [15, 16], а также BG-рекомбинантов, генетически близких к вирусам, циркулирующим в Испании и Португалии [15], и новых A6/B рекомбинантных форм, выявляемых в Москве [17].
Исторически в странах ВЕЦА не отмечалось достоверной разницы между генетическим разнообразием ВИЧ-1 в разных уязвимых группах. Исключение составляла лишь группа мужчин, практикующих секс с мужчинами (МСМ), где изначально доминировал B Western [11, 12, 17]. Однако исследование 2017 г. показало, что доля вируса субсубтипа A6 среди образцов от МСМ, собранных в 2006–2016 гг., составила 19,4%, что свидетельствует о размытии границ между группами риска в стране [11].
Во всех странах бывшего СССР одним из важнейших факторов распространения эпидемии ВИЧ-инфекции является миграция. Так, с конца 80-х гг. прошлого века и к началу 2000-х из одной только Армении эмигрировали около 1 млн чел., значительная часть которых обосновалась в России и странах СНГ, став постоянными или сезонными мигрантами. При этом, по разным данным, от 70 до 80% случаев ВИЧ-инфекции среди граждан Армении так или иначе было связано с миграцией [18, 19]. Более 90% образцов ВИЧ-1, собранных от граждан Армении в 2009–2010 гг., относилось к варианту A6, и лишь единичные случаи инфекции приходились на IDU- B, CRF02_AG и CRF03_AB [18]. В последние годы распределение вариантов ВИЧ-1 в стране изменилось незначительно. Так, в 2017–2019 гг. на долю субсубтипа A6 приходилось чуть более 87% образцов ВИЧ-1 с неизменной циркуляцией вируса субтипа B и отдельными случаями инфекции рекомбинантными формами вируса [19].
Практически идентичная картина по распространению генетических вариантов ВИЧ-1 характерна для соседствующего с Арменией Азербайджана. Несмотря на то что Азербайджан граничит с Ираном, исследования прежних лет указывают на то, что в Азербайджане доминирует генетический вариант A6 [20, 21]. Отмечаются лишь отдельные случаи инфекции такими вариантами, как IDU-B, CRF03_AB и A1, характерными для стран Восточной Африки [20]. В то же время в Азербайджане не описаны случаи инфекции доминирующим в Иране вариантом CRF35_A1D [2].
Доминирование субсубтипа A6 и циркуляция субтипа B еще в начале 2000-х гг. отмечались и в Беларуси [22].
В Киргизии отмечают инфекции как субсубтипом A6 и CRF63_02A1, так и субэпидемия CRF02_AG – генетического предка CRF63_02A1 [23].
В Узбекистане широко распространен CRF63_02A1, поскольку этот рекомбинант образовался именно в этой стране в 90-х гг. прошлого века. Вторым по распространению является вариант A6 [7, 12].
Хуже всего охарактеризовано генетическое разнообразие ВИЧ-1 в Таджикистане. В соответствии с международными базами данных в этой стране доминируют те же варианты, что и в других странах ВЕЦА: A6, CRF63_02A1 и CRF02_AG [2].
Ранее было проведено исследование, посвященное частоте встречаемости мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 среди пациентов из стран ВЕЦА без опыта терапии или прерывавших ее на срок более 3...