Молекулярно-генетический анализ ВИЧ-1 у осужденных, получающих антиретровирусную терапию в пенитенциарных учреждениях Свердловской области

Цель исследования. Молекулярно-генетический анализ ВИЧ-1 у осужденных, получающих антиретровирусную терапию (АРТ) в условиях исправительных колоний.
Материалы и методы. У 89 осужденных определена вирусная нагрузка, из них у 32 лиц с вирусной нагрузкой >1000 копий/мл исследована резистентность ВИЧ-1 к ингибиторам обратной транскриптазы и протеазы генотипическим методом. У 138 осужденных методом опроса оценена степень приверженности к АРТ.
Результаты. 20 из 32 (62,5%) исследованных нуклеотидных последовательностей ВИЧ-1 были интерпретированы как чувствительные к 19 антиретровирусным препаратам. Ни одна из 32 последовательностей не содержала мутаций высокого уровня резистентности к назначенным препаратам. По результатам генотипирования преобладал субтип AFSU, 5 геновариантов типированы как CRF03_AB и 2 – как CRF63_02A1.
Заключение. Высокая или множественная резистентность ВИЧ-1 к ингибиторам обратной транскриптазы и протеазы не являлась причиной вирусологической неэффективности АРТ у осужденных.

По данным «Доклада о результатах и основных направлениях деятельности Федеральной службы исполнения наказаний (2015–2017 год)»1, на 01.01.2015 в учреждениях уголовно-исполнительной системы находилось 49 600 больных наркоманией (7,35% от общего числа отбывающих наказание) и 54 800 осужденных с психическими расстройствами (8,12%). Согласно информации, представленной на официальном сайте Федеральной службы исполнения наказаний России2, за преступления, связанные с наркотиками, в исправительных колониях (ИК) в 2016 г. отбывали наказание 138 260 осужденных. Среди больных наркоманией и психически дезадаптированных осужденных имеется значительное число лиц, живущих с ВИЧ/СПИДом, многим из них по показаниям назначена антиретровирусная терапия (АРТ). Согласно опубликованным ранее результатам исследования эпидемического процесса ВИЧ-инфекции в пенитенциарных учреждениях Хабаровского края [1], отличительной социальной характеристикой ВИЧ-инфицированных осужденных был низкий уровень их образования и низкий уровень знаний о мерах профилактики гемоконтактных инфекций. Учитывая высокий удельный вес лиц, живущих с ВИЧ/СПИДом, из групп повышенного риска среди осужденных, отбывающих наказание в ИК, представлялось целесообразным оценить их приверженность к АРТ, выяснить спектр мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ в случаях вирусологической неэффективности АРТ с целью рациональной коррекции схем терапии при выявлении мутаций высокой устойчивости к антиретровирусным препаратам (АРВП). Учитывая регулярную смену контингента осужденных за счет освобождающихся после отбытия срока наказания и вновь прибывающих в ИК, генотипирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей ВИЧ, выявленных у осужденных, информативны в отношении спектра субтипов ВИЧ-1, циркулирующих среди групп повышенного риска заражения.

Целью настоящего исследования было изучение молекулярно-генетических особенностей ВИЧ у осужденных, принимающих АРТ в условиях ИК. Задачи исследования включали оценку частоты и спектра мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 среди осужденных с вирусологической неэффективностью АРТ, генотипирование и филогенетический анализ выявленных нуклеотидных последовательностей ВИЧ-1, оценку степени приверженности осужденных к назначенной АРТ.

Материалы и методы

В 2016 г. из двух женских ИК, находящихся на территории Свердловской области, было получено 89 образцов крови от ВИЧ-инфицированных осужденных, которым была назначена АРТ, после информированного добровольного согласия на обследование. Во всех образцах определяли вирусную нагрузку с помощью наборов реагентов «РеалБест РНК ВИЧ количественный» согласно инструкции производителя (АО «Вектор-Бест», Россия) на амплификаторе Rotor-Gene Q («QIAGEN», Германия). В 32 пробах, имевших вирусную нагрузку > 1000 ко­­пий/мл, была определена резистентность ВИЧ-1 к ингибиторам протеазы (ИП) и обратной транскриптазы генотипическим методом с использованием наборов реагентов «АмплиСенс® HIV-Resist-Seq» (ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Россия) на генетическом анализаторе Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer («Life Technologies», США). Сборку, оценку качества, редактирование, выравнивание консенсусных нуклеотидных последовательностей фрагментов генов обратной транскриптазы и протеазы ВИЧ-1 проводили с помощью программного обеспечения «ДЕОНА» (ООО «Мед АйТи Групп», Россия), также выполнявшего идентификацию мутаций резистентности ВИЧ-1 и оценку степени влияния выявленных мутаций на устойчивость к 19 АРВП, относящимся к нуклеозидным/нуклеотидным ингибиторам обратной транскриптазы (НИОТ), ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы (ННИОТ) и ИП. Для описания мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 использовали электронный ресурс HIV Drug Resistance Database Стэнфордского университета (Stanford University)3.

Генотипирование выделенных нуклеотидных последовательностей ВИЧ-1 проводили с помощью онлайн-программы REGA HIV-1 Subtyping Tool v.3.0 Стэнфордского университета4. П...

Алимов А.В., Устюжанин А.В., Ново­селов А.В., Демчук Н.С., Санникова Л.Б., Кадырова О.Ю., Паньков А.П.