Урология №4 / 2025
Микробиота мочевыводящих путей: новые таксоны
ФГБУН «Оренбургский федеральный исследовательский центр Уральского отделения Российской академии наук», Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, Оренбург, Россия
Обзор посвящен оценке биологического разнообразия микрофлоры мочевыводящих путей человека. Поиск проведен с использованием баз данных PubMed, List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. Проанализированы данные о видах аэробных, факультативно-анаэробных и облигатно-анаэробных бактерий, описанных после 2000 г. Установлено, что внедрение усовершенствованных диагностических протоколов и методических приемов привело к обнаружению в моче новых видов микроорганизмов, относящихся к 14 семействам (Enterobacteriaceae, Pseudomonadaceae, Weeksellaceae, Flavobacteriaceae, Chromobacteriaceae, Paenibacillaceae, Lysobacteraceae, Bifidobacteriaceae, Actinomycetaceae, Lactobacillaceae, Corynebacteriaceae, Caryophanaceae, Dietziaceae, Aerococcaceae). Представлены сведения о клиническом значении и антибиотикоустойчивости этих бактерий.
Утверждение о нестерильности мочи в настоящее время уже является постулатом [1]. Присутствующие в ней бактерии и грибы являются отражением резидентных микробных сообществ проксимальных и дистальных отделов уретры, мочевого пузыря, а также микроорганизмов, попадающих извне, в том числе из кишечника и половых путей (что особенно важно при эндогенных инфекциях). Успехи в изучении биоразнообразия микрофлоры мочевыводящих путей связаны с технико-технологическом совершенствованием микробиологического исследования мочи: оптимизация времени и условий доставки исследуемого материала, новый паттерн посева, использование новых питательных сред и добавок, культивирование в анаэробных условиях или модифицированной атмосфере, идентификация микроорганизмов с помощью времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TОF MS, Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization - Time Of Flight Mass-Spectrometry) и технологии секвенирования нового/следующего поколения (NGS, Next Generation Sequencing) и др.
Цель настоящей работы — оценка изменения биоразнообразия микробиоты мочевыводящих путей за счет характеристики новых таксонов микроорганизмов, выделенных и описанных в последние годы.
Алгоритм/Стратегия литературного поиска
Поиск новых таксонов микроорганизмов из мочеполового тракта человека проведен с использованием базы данных PubMed (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/); проанализированы сведения о видах аэробных, факультативно-анаэробных и облигатно-анаэробных бактерий, описанных после 2000 г. Для характеристики биологических свойств микроорганизмов использовали архив журнала International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem). Актуальные названия микроорганизмов, изменения в номенклатуре и систематике бактерий уточняли с использованием ресурса List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature (https://lpsn.dsmz.de/).
Анализ литературных данных
Внедрение усовершенствованных диагностических протоколов и методических приемов привело к обнаружению в моче новых видов микроорганизмов, относящихся к 14 семействам (табл. 1).
Энтеробактерии (кишечная палочка, клебсиеллы, энтеробактеры, цитробактеры и др.) занимают первое место по частоте выделения. Клебсиеллы, в частности бактерии видового комплекса Klebsiella oxytoca, являются распространенными возбудителями инфекций мочевыводящих путей (ИМП) [2]. В 2017 г. из мочи пациента в Павии (Италия) выделен типовой штамм SPARK_775_C1T нового вида – Klebsiella spallanzanii [3]. В этот же период в Чэнду (КНР) у пациента с ИМП выделен штамм другого вида, Klebsiella huaxiensis [4]. Годом ранее в Чэнду в моче больного хронической почечной недостаточностью обнаружена культура Enterobacter sichuanensis; клиническое значение вида неизвестно, но стоит отметить, что типовой штамм WCHECL-1597T устойчив к азтреона...
