Эпидемиология и Инфекционные болезни. Актуальные вопросы №2 / 2017

Мультилокусное секвенирование-типирование Haemophilus influenzae серотипа b в эпидемиологическом надзоре за Hib-менингитами на территории России

17 мая 2017

ФБУН Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия

Бактерии Haemophilus influenzae серотипа b относятся к частым возбудителям гнойных бактериальных менингитов у детей. Анализ информации, полученной с использованием метода мультилокусного секвенирования-типирования (МЛСТ), позволяет проводить генетическую характеристику циркулирующих возбудителей и определять вклад представителей тех или иных сиквенс-типов и клональных комплексов в эпидемический процесс при проведении ретроспективной или проспективной оценки эпидемической ситуации. В обзоре представлен анализ результатов МЛСТ российских изолятов H. influenzae серотипа b, содержащихся в базе данных http://pubmlst.org/hinfluenzae/, и эпидемиологическая характеристика выявленных сиквенс-типов и клональных комплексов.

Haemophilus influenzae серотипа b (Hib) является ведущим этиологическим агентом гнойных бактериальных менингитов (ГБМ) неменингококковой этиологии. В эпидемический процесс вовлечены преимущественно дети в возрасте до 5 лет [1–4]. Важной составляющей эпидемиологического надзора является микробиологический мониторинг штаммов, ассоциированных с ГБМ. Мониторинг популяции возбудителей ГБМ является необходимой составляющей наблюдения за эпидемическим процессом, поскольку, с одной стороны, он позволяет в некоторых случаях объяснить неодинаковые показатели заболеваемости, наблюдаемые на разных территориях, с другой – своевременно выявить циркуляцию вновь возникших или импортированных на наблюдаемую территорию штаммов с повышенными вирулентными или резистентными свойствами.

С целью проведения микробиологического мониторинга для ряда патогенных микроорганизмов, в том числе для основных возбудителей ГБМ, применяется метод мультилокусного секвенирования-типирования (МЛСТ) [5, 6]. Результатом применения МЛСТ является установление аллелей определенных фрагментов бактериальных генов, обозначение сиквенс-типа бактерии и выявление генетических связей в бактериальных популяциях, ассоциированных с различными параметрами течения эпидемического процесса на основании определенных сиквенс-типов и/или выявленных клональных комплексов. Результаты МЛСТ, полученные разными исследователями, могут быть объединены с помощью сети Интернет через общедоступные базы данных, в которых предусмотрены разные способы анализа информации [7, 8]. В Центральном НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора (далее – ЦНИИЭ) метод МЛСТ используется для основных возбудителей ГБМ с 2000 г. Результаты исследований регулярно публикуются в соответствующих базах данных (научные руководители исследований – канд. мед. наук Г.А. Шипулин, д-р биол. наук, проф. А.Е. Платонов и д-р мед. наук И.С. Королева) [9]. Все данные МЛСТ Hib, циркулирующих на территории России, были получены в ЦНИИЭ в течение трех этапов работы.

На первом этапе было проведено исследование штаммов, полученных при изучении заболеваемости ГБМ детей в Москве в 1999–2001 гг. [2]. Было исследовано 40 штаммов на территории Москвы в период с 1997 по 2002 г., 2 штамма из Екатеринбурга, выделенных в 1986 и 2001 гг., и дополнительно – 6 коллекционных штаммов, выделенных в 1984 г. [10, 11].

На втором этапе были исследованы штаммы и клинические образцы, содержащие ДНК Hib, полученные во время изучения заболеваемости Hib-менингитами в регионах России в период 2005–2008 гг. Исследованы 31 штамм и клинический образец, содержащий ДНК Hib, выделенную из крови или спинномозговой жидкости больных Hib-менингитом, а также 2 штамма, изолированные от больных с сепсисом и пневмонией [12–15].

На третьем этапе было исследовано 12 штаммов и 25 образцов спинномозговой жидкости, содержащих ДНК Hib, от больных Hib-менингитом, госпитализированных в 2007–2009 гг. в клинические инфекционные больницы № 1 и № 2 Департамента здравоохранения города Москвы [13, 16].

Всего на протяжении трех этапов исследований было охарактеризовано 116 штаммов и клинических образцов спинномозговой жидкости, содержащих ДНК Hib, которые были получены, за редким исключением, от детей в возрасте до 5 лет с диагнозом ГБМ. Все результаты МЛСТ российских Hib, а также имеющаяся информация об источнике штамма (клинического образца), годах и территории циркуляции были опубликованы в базе данных http://pubmlst.org/hinfluenzae/, которая на момент написания обзора (ноябрь 2016 г.) содержала информацию о 2625 изолятах H. influenzae (1664 сиквенс-типа), из них 624 изолята имели серотип b (224 сиквенс-типа).

Цель данного обзора – анализ результатов МЛСТ российских Hib, полученных в течение трех этапов работы, и эпидемиологическая характеристика представителей циркулирующих сиквенс-типов и клональных комплексов в сопоставлении с зарубежными для определения дальнейших направлений молекулярно-биологического мониторинга Hib.

Результаты МЛСТ Hib

Аллели и сиквенс-типы. Некоторые аллели и большинство сиквенс-типов, обнаруженных у российских Hib, были найдены впервые: из 19 сиквенс-типов 17 были впервые выявлены в течение трех этапов исследования. Значительное количество впервые найденных аллелей...

Миронов К.О.
Статья платная, чтобы прочесть ее полностью, вам необходимо произвести покупку
Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.