STROKE №1 / 2010

Полиморфизмы кандидатных генов для ишемического инсульта

1 января 2010
Предпосылки и цель исследования. Ишемический инсульт (ИИ) — многофакторное заболевание, что подтверждено исследованиями семей, близнецов и в моделях на животных, доказавшими влияние генетических факторов на риск его развития и прогноз. Было предложено несколько кандидатных генов для ИИ, но немногие из них были реплицированы. Мы исследовали влияние 67 кандидатных генов (369 однонуклеотидных полиморфизмов [SNPs]) на риск развития ИИ в североамериканской популяции европейского происхождения. Методы. Были проведены два независимых исследования. В первом исследовании 342 SNPs из 52 генов-кандидатов генотипировали у 307 пациентов с ИИ и у 324 пациентов контрольной группы. SNPs, для которых выявили достоверную связь с развитием ИИ, тестировали на репликацию в другой группе, состоящей из 583 пациентов с ИИ и 270 пациентов контрольной группы. Во втором исследовании изучили 212 SNPs из 62 генов-кандидатов у 710 пациентов с ИИ с разделением по типам ИИ и у 3751 пациента контрольной группы. Результаты. Ни для одного из SNPs не выявили достоверной связи с повышенным риском развития ИИ независимо от известных факторов риска после коррекции данных для проверки множественных гипотез. Выводы. Полученные результаты соответствуют предыдущим мета-анализам, в которых было показано отсутствие генетической связи вариантов вероятных кандидатных генов с риском развития ИИ. Мы предполагаем, что влияние исследованных SNPs может быть слабым или оно ограничено специфичностью исследуемой популяции или подтипами ИИ.

Инсульт – многофакторное заболевание или сложный синдром, для которого невозможно продемонстрировать классические модели наследования. Ишемический инсульт (ИИ) является наиболее распространенным неврологическим заболеванием и ведущей причиной тяжелой инвалидизации и смертности в западных странах [1]. Приблизительно 85–90% инсультов являются ишемическими [2, 3]. Тем не менее, в исследованиях с участием близнецов, семей и в моделях на животных регулярно приводят убедительные доказательства о влиянии генетических факторов на риск развития и прогноз инсульта [4]. Вклад генетических факторов в развитие ИИ является комплексным, в генах существует множество локусов, модулирующих патофизиологические процессы и определяющих степень риска развития инсульта.

Наиболее удобным и широко используемым методом для выявления общих аллелей, влияющих на риск развития инсульта, является ассоциативный анализ кандидатных генов. Опубликованные исследования полногеномных ассоциаций при ИИ [5, 6] предоставили данные об интересующих кандидатных локусах, однако для обозначения их как достоверных факторов для риска развития ИИ, необходима независимая репликация наиболее убедительных из них (12p13.33). Хотя несколько кандидатных генов для ИИ изучали в исследовании дизайна “случай-контроль”, некоторые ассоциации постоянно реплицировались. Мы провели исследование по модели “случай-контроль”, в котором участники с ИИ (клинические случаи) были сопоставлены с испытуемыми контрольной группы (без отягощенного анамнеза по сосудистым заболеваниям). В общей сложности, мы изучили 67 кандидатных генов при ИИ (369 однонуклеотидных полиморфизмов [SNPs]), которые рассматривали как возможные генетические факторы риска развития сосудистых заболеваний, играющих роль в развитии инсульта.

Материалы и методы.

Все образцы геномов, использованные в Исследовании 1 и Исследовании 2, были получены от лиц европейского происхождения.

Исследование 1: кандидатные гены и репликация (342 SNPs и 52 гена)

Образцы геномов (пациентов с инсультом и пациентов контрольной группы без инсульта) для фазы обнаружения Исследования 1 выбрали из исследования Ischemic Stroke Genetics Study (ISGS) методом “случай-контроль”. В фазе репликации использовали образцы, полученные в исследованиях ISGS, Siblings with Ischemic Stroke Study (SWISS), а также из National Institute of Neurological Disorders and Strokefunded Neurogenetics Repository (Coriell Institute, http://ccr.coriell.org/ninds). Выборка из SWISS (пробанды) являлась также частью семейного исследования. В исследование включали только одного из сибсов с инсультом из каждой семьи. В исследования ISGS и SWISS включали пациентов с диагнозом ИИ, согласно определению Всемирной Организации здравоохранения (World Health Organization) [7]. Невролог или специалист по диагностике классифицировали все случаи инсультов и их подтипов. Протоколы исследований ISGS и SWISS были опубликованы ранее [8, 9]. Для всех случаев был собран полный анамнез заболевания и определен вариант ИИ на основании критериев TOAST Org 10172 [10]. В фазу репликации контрольные образцы, полученные от неврологически здоровых лиц европейского происхождения, не состоящих в родстве, проживающих в различных местах США, были отобраны из репозитория Coriell. У каждого пациента был собран детальный анамнез заболевания, в т. ч. семейный. Случаи исключали из исследования, если у ближайших родственников пациента были в анамнезе следующие неврологические заболевания: болезнь Альцегеймера, боковой амиотрофический склероз, атаксия, аутизм, биполярное расстройство, аневризма сосудов головного мозга, деменция, дистония и болезнь Паркинсона. Суммарная оценка по шкале Folstein Mini Mental State Examination [11] составляла от 26 до 30 баллов. Более полные данные представлены online: http://ccr.coriell.org/ninds/controls/controls.html.

В таблице 1 приведены демографические и клинические характеристики пациентов с инсультом и пациентов контрольной группы для каждой фазы Исследования 1.

Таблица 1. Демографические и клинические характеристики пациентов с ИИ и контрольной группы в Исследовании 1

Генотипирование

Кандидатные гены отбирали на основе доказательств их ассоциации из предыдущих исследований ИИ, а также согласно причинной связи, включающей присутствие генов, которые отвечают за метаболизм липидов, реакции коагуляционного каскада, продукцию оксида азота, метаболизм гомоцистеина, работу ренинангиотензиновой системы, а также другие факторы риска развития инсульта. Для каждого кандидатного гена выбирали меченые SNPs. Локусы для панели картирования SNP описаны в дополнительной таблице, доступной по адресу http://stroke.ahajournals.org. В фазе обнаружения генотипирование осуществляли с помощью системы Illumina GoldenGate assay. Образцы ДНК (5 мкл) генотипиро...

М. Матарин, В.М. Браун, Х. Дена, А. Бриттон, Ф.В. ДеВриезе, Т.Г. Бротт, Р.Д. Браун, Б.Б. Ворралл, Л.Д. Кеис, К.Дж. Чанок, Е.Дж. Меттер, Л. Ферручи, Д. Гэмбл, Дж.А. Харди, С.С. Рич, А. Синглетон, Дж.Ф. Мешиа
Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.