Сравнение технологий электрофоретического разделения белков естественных киллеров линии NK-92

Электрофорез в полиакриламидном геле (ПААГ) – один из наиболее универсальных и широко используемых методов исследования протеомов биологических систем. Этот метод имеет явные преимущества в разделении и идентификации тысяч отдельных видов белков, включая изоформы и посттрансляционные модификации. Однако он также имеет и недостатки, основанные на молекулярной диффузии и конвекции. Альтернативой является разделение в капиллярах, которые обладают низкой проводимостью, генерируют небольшое количество тепла и антиконвективны.

Цель настоящей работы – сравнение технологий электрофоретического разделения белков в ПААГ и в капиллярах. Мы исследовали и сравнили протеомный состав естественных киллеров линии NK-92 и микровезикул (МВ), продуцируемых ими при спонтанном культивировании и активации IL-1β с помощью двух этих методик.

Спонтанно культивируемые или активированные IL-1β клетки линии NK-92 и продуцируемые ими МВ разделяли путем последовательного центрифугирования (200 g, 9900 g, 19 800 g). Пробы гомогенизировали в воде, полученный материал центрифугировали (16 000 g), а полученный супернатант анализировали методом капиллярного электрофореза на микрочипе High Sensitivity Protein Chip 250 (Agilent Technologies, США) с помощью биоанализатора Agilent 2100. Аналогично готовили пробы для электрофореза в ПААГ, но после центрифугирования из супернатанта выпаривали воду и растворяли пробы в буфере RIPA (50 мМ Трис-HCl pH 8,1; 1% Тритон Х-100; 0,1% додецилсульфат натрия; 0,5% дезок...

М.Э. Березкина, Е.П. Александрова, Ю.П. Милютина, А.В. Кореневский, Д.И. Соколов, С.А. Сельков