Анализ распространенности мутаций лекарственной устойчивости в гене pol ВИЧ-1 среди ВИЧ-инфицированных в Иркутской области

Цель исследования. Оценка ситуации по распространению субтипов, рекомбинантных форм, а также резистентных вариантов ВИЧ на территории Иркутской области.
Материалы и методы. Представлены данные анализа нуклеотидных последовательностей гена pol ВИЧ-1, кодирующего ферменты: протеазу, обратную транскриптазу и интегразу. Для исследования была использована плазма крови от 65 ВИЧ-инфицированных лиц, постоянно проживающих в Иркутской области. При помощи коммерческих тест-систем выделяли РНК, проводили реакцию обратной транскрипции, полимеразную цепную реакцию и циклическое секвенирование. Нуклеотидные последовательности детектировали методом капиллярного электрофореза в автоматическом анализаторе молекул.
Результаты. По данным филогенетического анализа, 62 последовательности (95,38%) кластеризовались с вариантом IDU-A субтипа А1 ВИЧ-1, 2 образца группировались с рекомбинантной формой CRF02-AG, 1 образец – с субтипом В. Резистентные к антиретровирусным препаратам штаммы вируса обнаружены у 63% пациентов. Выявлен широкий спектр штаммов с лекарственной устойчивостью: резистентность к ингибиторам протеазы – в 10,77% случаев, к нуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы – в 58,46%, к ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы – в 35,38%, к ингибиторам интегразы – в 3,08%. Доля монорезистентных штаммов составила 34,15%, полирезистентных к двум и более группам препаратов – 65,85%.
Заключение. На территории Иркутской области доминирует субтип А1 ВИЧ-1; выявление других субтипов свидетельствует о возможном усилении миграционной активности населения. Спектр штаммов с лекарст­венной устойчивостью соответствует наиболее часто назначаемым в нашем регионе схемам высокоактивной антиретровирусной терапии.

Вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) отличается значительной генетической вариабельностью, что связано с высокой скоростью размножения, большим размером вирусной популяции в организме инфицированного человека, особенностями работы ферментов, отвечающих за репликацию генома ВИЧ, и рекомбинациями. В связи с этим ВИЧ представляет собой гетерогенную группу, в которой выделяют 2 типа вируса (эпидемически значимый ВИЧ-1 и относительно редкий ВИЧ-2), каждый из которых в свою очередь делится на группы и целый ряд субтипов, циркулирующих (CRF) и уникальных (URF) рекомбинантных форм [1, 2].

Распределение различных субтипов и вариантов в мире неоднородно. В Российской Федерации наибольшее (до 85%) распространение получил тип ВИЧ-1, генетический вариант IDU-А субтипа А1, в меньшей степени – субтип В, рекомбинант CRF03_АВ и некоторые другие [3].

Вопрос генетической вариабельности ВИЧ в последнее время приобретает все большее значение для прак­тической медицины. С внедрением в арсенал диагностических средств новых молекулярно-генетических методов появилась возможность решения ряда прикладных задач. Клиницисты получили инструмент для научно обоснованного назначения и замены схем терапии ВИЧ-инфекции путем выявления мутаций лекарственной устойчивости в геноме вируса [3–5]. Дополнительные горизонты открылись перед эпидемиологами: данные филогенетического анализа первичной структуры геномов применяются при эпидемиологических расследованиях случаев передачи ВИЧ [6, 7]. Анализ циркуляции на определенной территории разных генетических вариантов ВИЧ позволяет устанавливать пути передачи вируса и идентифицировать группы риска, а также прогнозировать динамику эпидемии [8].

На сегодняшний день на территории Иркутской области зарегистрировано более 44 000 человек, инфицированных ВИЧ. Тем временем данные о генетическом разнообразии ВИЧ остаются довольно скудными. В литературных источниках имеются сведения о доминирующем положении в нашем регионе варианта IDU-А субтипа А1 ВИЧ-1, другие субтипы выявлены не были [9]. С 2006 г. началось применение высокоактивной антиретровирусной терапии (ВААРТ), которая, как мощный эволюционный фактор, должна была привести к появлению в популяции штаммов ВИЧ с мутациями лекарственной устойчивости. Однако долгое время данный вопрос оставался без должного внимания.

Цель исследования – оценка генетического разно­образия ВИЧ на территории Иркутской области и анализ спектра мутаций лекарственной устойчивости.

Материалы и методы

В работе использовали плазму крови от 65 ВИЧ-инфициров...

Плотникова Ю.К., Пономарева О.А., Ревизор А.О., Круглова Е.А.