Эпидемиология и Инфекционные болезни. Актуальные вопросы №2 / 2025
База данных «Нуклеотидные последовательности генома изолятов ВИЧ-1 в Приволжском федеральном округе»
1) Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора, Нижний Новгород, Россия;
2) ООО «ГК «Иннотех», Москва, Россия
Цель исследования. Оптимизация эпидемиологического надзора за распространением лекарственно-устойчивых штаммов ВИЧ в Приволжском федеральном округе (ПФО) путем внедрения современных технологий сбора, хранения, обработки, выгрузки и анализа данных, полученных в ходе исследований резистентности ВИЧ к антиретровирусным препаратам (АРП).
Материалы и методы. Нуклеотидные последовательности генома ВИЧ-1 получали секвенированием фрагментов гена pol (pro, rev, int) образцов инфицированных пациентов из ПФО. Молекулярно-генетические, эпидемиологические и клинико-лабораторные данные были объединены и интегрированы с помощью функционала сводных таблиц и встроенного языка языка VBA Microsoft Excel в единый цифровой формат.
Результаты. Создана база данных (БД) «Нуклеотидные последовательности генома изолятов ВИЧ-1 в ПФО», содержащая информацию о 1201 образце ВИЧ-инфицированных, обследованных на наличие лекарственной устойчивости (ЛУ) ВИЧ с 2016 по 2023 г. БД позволяет выполнять анализ распространенности мутаций резистентности, субтипов ВИЧ, ЛУ к АРП, получить выборку пациентов по возрасту, полу, стадии ВИЧ-инфекции, препаратам и схемам терапии, приверженности, клинико-лабораторным параметрам. Выгрузка данных осуществляется в форматах Excel, PNG, JPEG, PDF, а нуклеотидных последовательностей ― в формате FASTA.
Заключение. Представленная БД оптимизирует проведение молекулярно-эпидемиологического мониторинга ЛУ ВИЧ и расследование случаев заражения ВИЧ, в том числе и с помощью филогенетического анализа при осуществлении эпидемиологического надзора за ВИЧ-инфекцией в ПФО.
Пандемия ВИЧ-инфекции продолжает оставаться одной из наиболее острых проблем современности, последствия которой приводят к росту смертности, снижению численности трудоспособного населения, замедлению темпов социально-экономического развития.
В последнее десятилетие основным подходом предотвращения распространения ВИЧ-инфекции в мире стала стратегия «Обследуй и лечи», направленная на то, чтобы выявить наибольшее число людей, живущих с ВИЧ, и обеспечить их эффективной антиретровирусной терапией (АРТ), которая снижает смертность от ВИЧ-инфекции, повышает качество жизни и ограничивает передачу вируса в популяции [1].
В РФ 21 декабря 2020 г. распоряжением Правительства № 3468-р утверждена Государственная стратегия противодействия распространению ВИЧ-инфекции на период до 2030 г.1, в реализации которой большое значение отводится увеличению охвата АРТ лиц, зараженных ВИЧ.
Приволжский федеральный округ (ПФО) относится к территориям с высоким уровнем пораженности, значительными показателями заболеваемости населения ВИЧ-инфекцией и одной из самых длительных эпидемий ВИЧ-инфекции в РФ2. В 2023 г. средний показатель заболеваемости в округе составил 45,9 на 100 тыс. населения, превысив общероссийский (40,0) на 14,6%. В 6 субъектах ПФО показатель инцидентности был выше как среднеокружного, так и среднероссийского значения: Оренбургская область (87,3), Пермский край (63,0), Нижегородская область (49,8), Самарская область (72,7), Ульяновская область (64,7), Республика Башкортостан (46,2). Показатель пораженности в 2023 г. в округе составил 750,7 на 100 тыс. населения, что на 8,2% ниже общероссийского значения. Тем не менее в 4 административных территориях округа (Пермский край, Самарская, Оренбургская, Ульяновская области) наблюдалось превышение и среднеокружного и среднероссийского (817,6) уровня пораженности (1423,7; 1331,0; 1181,2 и 1061,6 соответственно) [2].
В ПФО продолжает регистрироваться прирост числа пациентов, получающих терапию. В 2023 г. число ВИЧ-инфицированных, находящихся на АРТ, составило 180 071, что на 5,6% больше, чем в 2022 г. К 2023 г. в округе охват терапией ВИЧ-инфицированных, состоявших под наблюдением, достиг 89,7%. Увеличение числа ВИЧ-позитивных лиц, получающих АРТ, при существующих проблемах с сохранением приверженности пациентов лечению, непрерывной доступностью антиретровирусных препаратов (АРП), частой их заменой и др., может явиться причиной неэффективности терапии за счет приобретения вирусом лекарственной устойчивости (ЛУ) [3].
В 2021 г. ВОЗ обновила Стратегию по борьбе с ЛУ ВИЧ3, в которой рекомендует проводить генотипирование области интегразы ВИЧ, в дополнение к областям обратной транскриптазы и протеазы, на предмет наличия ЛУ ВИЧ к ингибиторам интегразы у пациентов перед началом лечения и на фоне приема схем терапии с ингибиторами интегразы. В этой связи возникает необходимость в выполнении исследований для определения распространенности и характера мутаций резистентности к данной группе препаратов4.
Приволжский окружной центр по профилактике и борьбе со СПИД ФБУН ННИИЭМ им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора с 2008 г. осуществляет молекулярно-генетические исследования ЛУ ВИЧ для 11 территориальных центров по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями ПФО (республик Башкортостан, Марий Эл, Мордовия, Удмуртской Республики, Чувашской Республики, Кировской, Нижегородской, Пензенской, Саратовской, Самарской, Ульяновской областей). С 2021 г. в лаборатории центра выполняются исследования резистентности ВИЧ к ингибиторам интегразы. Накопленная в ходе работы значительная эпидемиологическая, клиническая, молекулярно-генетическая информация позволяет всесторонне охарактеризовать штаммы ВИЧ, циркулирующие в округе, и может быть использована для проведения эпидемиологического надзора за приобретенной ЛУ ВИЧ в ПФО в форме выборочного кросс-секционного исследования среди пациентов с неэффективной АРТ5.
Более чем 30-летний период развития эпидемии в ПФО и значительное число лиц, живущих с ВИЧ, в общей популяции населения (215 337 человек на 31.12.2023, согласно данным формы мониторинга Роспотребнадзора «Сведения о мероприятиях по профилактике ВИЧ-инфекции, гепатитов В и С, выявлению и лечению больных ВИЧ»6), часть из которых имеет клинически выраженны...
