Генетическое типирование Neisseria meningitidis, циркулирующих в регионах России

Методом мультилокусного секвенирования-типирования (МЛСТ) в сочетании с определением антигенных свойств (серогруппа, субтип, аллель вариабельного участка VR белка FetA) проведена генетическая характеристика 34 штаммов менингококков и 22 клинических образцов, содержащих ДНК N. meningitidis, выделенных на территории России от больных генерализованными формами менингококковой инфекции. Преобладали менингококки серогрупп B (31 образец) и С (20 образцов). Большая часть (33 образца) менингококков серогрупп В и С была распределена по пяти клональным комплексам, четыре из них уже наличествовали в базе данных http://pubmlst.org/neisseria/: «ST-41/44 complex/Lineage» (18 образцов или 35%), «ST-18 complex» (4 образца или 8%), «ST-226 complex» (1 образцец или 2%) и «ST-37 complex» (1 образец или 2%). Клональный комплекс, образованный сиквенс-типами, генетически близкими к ST-9396 (9 образцов или 18%), был выделен в данном исследовании. Для 17 найденных сиквенс-типов (18 образцов или 35%) не удается установить принадлежность к какому-либо клональному комплексу. Такая картина типична для спорадического характера заболеваемости. В то же время присутствие на наблюдаемой территории сиквенс-типов и клональных комплексов, встречающихся в странах Европы, не позволяет говорить о существенных генетических особенностях российских штаммов N. meningitidis серогрупп В и С.

Микробиологический мониторинг штаммов Neisseria meningitidis является неотъемлемой частью эпидемиологического надзора за менингококковой инфекцией. В предыдущих исследованиях было показано, что периодические колебания показателя заболеваемости менингококковой инфекцией – чередование периодов эпидемического неблагополучия и межэпидемических периодов – могут быть связаны с присутствием на территории гипервирулентных штаммов менингококка [1, 2]. Изучение особенностей и закономерностей распространения гипервирулентных штаммов позволяет в ряде случаев контролировать эпидемический процесс с помощью различных типов вакцин. С этой целью разработана система обозначения штаммов N. meningitidis, позволяющая дифференцировать штаммы внутри вида и включающая характеристику серологических и генетических свойств бактерии. Основными регламентированными методами характеристики штаммов N. meningitidis являются серогруппирование в сочетании с мультилокусным секвенированием-типированием (МЛСТ) и антигенной характеристикой трех вариабельных фрагментов белков PorA и FetA [1, 3]. Применение метода МЛСТ позволяет проводить объединение генетически близких штаммов в группы – клональные комплексы. Полученная таким образом характеристика штамма в совокупности с эпидемиологической информацией (год, источник, территория) объединяется через Интернет в общедоступную базу данных http://pubmlst.org/neisseria/. Запрос в базу данных позволяет идентифицировать впервые выделенный штамм как новый, или как уже известный, или как штамм, входящий в известный клональный комплекс. Для известных клональных комплексов в ряде исследований показана связь с уровнем заболеваемости на разных территориях, что позволяет говорить об эпидемической опасности исследуемого штамма [1–3].

Заболеваемость генерализованными формами менингококковой инфекции (ГФМИ) в России не превышает 2 случаев на 100 тыс. населения, в то же время заболеваемость в регионах может существенно варьировать и достигать значений 7–8 на 100 тыс. населения [4]. В предыдущих исследованиях охарактеризованы штаммы N. meningitidis, циркулирующие на территории Москвы [5], для которой характерны невысокие показатели заболеваемости. С целью сбора информации о свойствах штаммов, циркулирующих на территории России, было издано информационное письмо № 01/9620-0-32 от 29.06.2010 «О взаимодействии территориальных органов и учреждений Роспотребнадзора с Референс-центром по мониторингу за бактериальными менингитами». В рамках организованной работы были получены штаммы и клинический материал из регионов России. Проведена генетическая характеристика N. meningitidis, вызвавших ГФМИ, с целью определения серологических и генетических особенностей и потенциальной эпидемической опасности циркулирующих штаммов.

Материалы и методы

Исследовано 34 культуры, изолированные из ликвора или крови, и 22 клинических образца (кровь, спинномозговая жидкость, ауто...

Миронов К.О., Королева М.А., Платонов А.Е., Королева И.С., Шипулин Г.А.