Урология №1 / 2016
Метагеномный анализ проб при цистите
Кафедра микробиологии и вирусологии ГБОУ ВПО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. академика И. П. Павлова» Минздрава России; ФГБУ ВЦЭРМ им. А.М. Никифорова МЧС России, Санкт-Петербург
Выявление бактерий в патологическом материале и оценка их чувствительности к антибиотикам –
важнейшие факторы, определяющие стратегию лечения и выбор антимикробной терапии. Результаты проведенного исследования показали, что метагеномный анализ позволяет выявлять в патологическом материале больше бактерий, чем при использовании стандартных лабораторных методов диагностики. Обнаружены различные бактерии, описанные как возбудители заболеваний мочевой системы, но плохо поддающиеся культивированию стандартными методами. Полученные данные указывают, что при заболеваниях мочевой системы смешанные инфекции могут быть распространены значительно шире, чем принято считать. При этом в патологическом процессе участвуют бактерии, роль факторов патогенности и чувствительность к антибиотикам которых остаются практически не изученными.
Введение. Бактерии, связанные с организмом человека, вновь стали объектом пристального внимания после получения результатов генетического изучения микрофлоры (микробиоты). Анализ микробиоты показал, что большая ее часть неизвестна и существующие методы выделения чистых культур бактерий в сумме позволяют получить лишь небольшую часть от общего состава микробиоты [1]. Такие бактерии, гены которых можно выявить, а методы выделения чистых культур еще не определены, получили название «пока не культивируемых». Причем подобные микроорганизмы обнаружены и среди патогенных бактерий [2, 3]. Поскольку именно человек является экологической нишей для большинства патогенных и условно-патогенных бактерий, вызывающих его болезни, очевидно, что список возбудителей неполный даже при тех заболеваниях, для которых микробная природа давно известна.
Целью настоящей работы было изучить микробный состав проб мочи, полученных от больного острым циститом, стандартными методами лабораторного исследования и с использованием метагеномной технологии.
Материалы и методы. Материалом для исследования служила моча больной острым циститом 45 лет. Время между забором материала и включением его в исследование не превысило 24 ч с хранением при 4°С.
Использованы питательные среды уриселект 4 («Биорад», Франция) и Колумбийский агар («BioMerie», Франция).
Биохимическую активность микроорганизмов определили с помощью системы Vitek 2 («bioMerieux», Франция).
ДНК из патологического материала и выросших на среде бактерий выделили при помощи стандартного набора ДНК сорб-В (Россия) согласно протоколу. Амплификацию осуществляли, используя эубактериальные праймеры 27F–534R, фланкирующие гипервариабельный участок гена 16S рРНК.
27F: ‘5-AGAGTTTGATYMTGGCTCAG-3’
534R: ‘5-ATTACCGCGGCTGCTGG-3’.
Используемая в работе пара олигонуклеотидных праймеров специфична консервативным участкам гена 16S рРНК и...
