Микробиом влагалища у беременных с преждевременным разрывом плодных оболочек в сроке от 22 до 28 недель беременности

Цель. Изучение микробиома влагалища у беременных с преждевременным разрывом плодных оболочек (ПРПО) при недоношенной беременности в сроки до 28 недель беременности с помощью методики метагеномного секвенирования.
Материалы и методы. Проведено исследование двух групп, которое включало оценку микробиома влагалища у 55 беременных женщин. В I группу вошли женщины с ПРПО в сроке до 28 недель беременности, во II группу включены женщины с физиологическим течением беременности в аналогичные сроки.
Результаты. Сравнение относительной представленности микроорганизмов в микробиоме влагалища в группах позволило выявить статистически значимые различия по 13 родам микроорганизмов: Lactobacillus, Pediococcus, Prevotella, Prevotella 6, Peptostreptococcus, Peptoniphilus, Anaerococcus, Fusobacterium, Parvimonas, Lawsonella, Sutterella, Mobiluncus, Thermus. При анализе частот встречаемости были найдены статистически значимые различия по родам микроорганизмов Pediococcus, Prevotella, Prevotella 6, Anaerococcus, Peptoniphilus, Parvimonas, Lawsonella, Sutterella, Mobiluncus, Thermus.
Заключение. Наличие в микробиоме влагалища беременных с ПРПО бактерий рода Prevotella (в особенности Prevotella 6), Anaerococcus, Peptoniphilus, Parvimonas, Lawsonella, Sutterella, Mobiluncus, Thermus, а также низкая относительная представленность бактерий рода Lactobacillus и Pediococcus, вероятно, имеют значение при беременности, связанной с разрывом плодных оболочек в сроке до 28 недель беременности, что требует дальнейших исследований в данной области.

Международный проект «Микробиом человека» позволил по-новому взглянуть на роль микроорганизмов в физиологии и патологии человека [1], появилось понятие микробиома. Технологии секвенирования дали возможность расширить наши знания о микробиоте влагалища, получаемые до сегодняшнего дня в основном с помощью методов культивирования и амплификации ДНК.

Особое значение приобрело изучение микробиома влагалища при осложнениях беременности, ассоциированных с инфекционно-воспалительным фактором, к которым относится преждевременный разрыв плодных оболочек (ПРПО) при недоношенной беременности.

Это крайне актуально в связи с тем, что бактериологические методы и методы, основанные на полимеразной цепной реакции, уже исчерпали свои возможности, и принципиально новым подходом может стать изучение микробиома влагалища с помощью секвенирования генов 16s рРНК. Поскольку влагалище является одним из самых доступных органов для изучения биотопов человеческого организма, на сегодняшний день имеется достаточное количество данных о микробиоме влагалища у женщин различной расовой принадлежности в норме и при различных патологических состояниях [2–5]. Однако изучение этого вопроса в аспекте преждевременных родов, а именно при ПРПО, на сегодняшний день все еще остается весьма актуальной задачей.

Учитывая потенциально значимую роль инфекционно-воспалительного фактора в развитии ПРПО, а также проблему антибиотикорезистентности, расширение знаний о микробиоме с помощью методик секвенирования 16s рРНК приобретает решающее значение для создания стратегий, направленных на предотвращение неблагоприятных исходов при недоношенной беременности с ПРПО.

Цель исследования: изучение микробиома влагалища у беременных с ПРПО при недоношенной беременности в сроки до 28 недель беременности с помощью методики метагеномного секвенирования.

Материалы и методы

Исследование проводилось в Государственном бюджетном учреждении Ростовской области «Перинатальный центр» с 01.06.2019 по 31.03.2020. В I группу вошли женщины с ПРПО в сроке до 28 недель беременности. Во II группу включены женщины с физиологическим течением беременности.

Критерии включения: возраст от 18 до 40 лет, европеоидная раса. Критерии исключения: беременность, наступившая в результате вспомогательных репродуктивных технологий, многоплодная беременность, многоводие, операции на шейке матки, врожденные пороки развития матки, пороки развития плода, наличие вируса иммунодефицита человека, гепатита В, гепатита С, сифилиса, тяжелая экстрагенитальная патология, гестационный сахарный диабет, терапия антибактериальными препаратами в течение беременности до включения в исследование, инвазивные методы лечения и диагностики (амниоцентез, амниоредукция), травмы во время беременности, вредные привычки (курение, алкоголизм).

Каждая участница исследования заполнила ин­фор­мированное добровольное согласие на исследование. Локальный этический комитет Ростовского государственного медицинского университета одобрил проведение настоящего исследования.

Диагноз ПРПО выставлялся в соответствии с существующими диагностическими критериями: визуальное подтверждение подтекания жидкости из цервикального канала при осмотре в зеркалах с использованием пробы кашлевого толчка, данные ультразвукового измерения индекса амниотической жидкости, положительный амниотест, положительный тест AmniSure.

Материал для исследования микробиома в I группе брали из заднего свода влагалища в первые 12 ч после излития околоплодных вод до начала антибактериальной терапии в сроки с 22-й по 28-ю неделю, во II группе отделяемое было получено в аналогичные сроки (22-я неделя – 27 недель 6 дней).

Образцы помещали в стерильные пробирки с транспортной средой «транспортная среда с муколитиком» (Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии, Россия) и хранили при температуре +4°C до выделения ДНК.

Общая ДНК была выделена из образцов с помощью набора «РИБО-преп» (Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии, Россия) в соответствии с рекомендациями производителя.

Библиотеки ДНК 16S были подготовлены в соответствии с протоколом Illumina «подготовка библиотеки метагеномного секвенирования 16S» (часть № 15044223 Rev.B). Биоинформатический анализ данных секвенирования проводился с использованием языков программирования: R v.3.6 [6] и Python 3.6.9. На первом этапе последовательности праймеров были обрезаны с начала парных конечных считываний, причем пары считываний, не содержащие последовательности праймеров, отбрасывались. Затем были обрезаны конечные 25 пар оснований от конца каждого считывания как низкокачественные базы и обработаны полученные данные с помощью рабочего процесса DADA2 для точной идентификации вариантов последовательности [7]. После вывода точных вариантов последовательностей прямые и обратные считывания были объединены с помощью конкатенации, и полученные последовательности были ...

Кузнецова Н.Б., Буштырева И.О., Дыбова В.С., Баринова В.В., Полев Д.Е., Асеев М.В., Дудурич В.В.