Эпидемиология и Инфекционные болезни. Актуальные вопросы №2 / 2013
Применение генотипирования при мониторинге энтеровирусов – возбудителей серозного менингита
1Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора, Нижний Новгород; 2Центр гигиены и эпидемиологии в Нижегородской области, Нижний Новгород
В течение 2007–2011 гг. проводился мониторинг возбудителей энтеровирусного менингита в Нижегородской области с использованием молекулярно-генетических методов. С помощью частичного секвенирования области VP1 генома были исследованы образцы от 226 больных серозным менингитом с положительным результатом ПЦР-исследования на энтеровирусы. Генотип энтеровируса был установлен в 68,14% случаев. С использованием молекулярного и вирусологического методов было идентифицировано 316 энтеровирусов, принадлежащих 22 типам 4 видов – А (0,3%), В (98,4%), С(1%) и D (0,3%). Изучена генетическая гетерогенность, филогения и особенности молекулярной эпидемиологии вирусов ЕСНО 30, ЕСНО 9, Коксаки А9 и ЕСНО 6, доминировавших среди возбудителей энтеровирусного менингита в Нижегородской области в исследуемый период.
Энтеровирусы являются основной этиологической причиной серозного менингита (СМ) у детей и взрослых. В свою очередь, СМ – наиболее частая среди требующих госпитализации клиническая форма энтеровирусной инфекции (ЭВИ).
В настоящее время различают более 100 типов энтеровирусов человека (ЭВ) 4 видов – ЭВ А–D (http://www.picornaviridae.com). Большинство типов ЭВ обладает потенциальной способностью вызывать СМ. Однако наибольшее число случаев спорадической и групповой заболеваемости энтеровирусным менингитом, зарегистрированной в мире, связано с отдельными представителями ЭВ В: вирусы ЕСНО 30, ЕСНО 6, ЕСНО 9, Коксаки В5, Коксаки А9, ЕСНО 13, ЕСНО 11, ЕСНО 7 [1–8].
Наблюдение за СМ в Нижнем Новгороде проводится с 1960-х гг. Первоначально лабораторная диагностика ЭВИ у больных и идентификация ЭВ осуществлялись при помощи классических вирусологических и серологических методов с использованием клеточных культур. Начиная с 2007 г. наряду с традиционными методами для идентификации типа ЭВ используется частичное секвенирование генома, которое, помимо типирования труднокультивируемых вирусов, дает возможность определить генотип вируса и исследовать его филогению, повышая таким образом информативность мониторинга ЭВИ.
В материалах данной статьи представлены результаты пятилетнего мониторинга возбудителей энтеровирусного менингита с использованием молекулярно-генетических методов.
Материалы и методы
В нашем исследовании проводилось типирование ЭВ-положительных образцов биоматериала от больных СМ, госпитализированных в инфекционные стационары Нижнего Новгорода и Нижегородской области в 2007–2011 гг., и больных ОРВИ и ОКИ, госпитализированных в 2010–2011 гг.
Для выявления ЭВ использовали тест-системы «АмплиСенс® Enterovirus» с различным способом детекции продукта амплификации (Центральный НИИ эпидедмиологии Роспотребнадзора, Москва).
Определение типа ЭВ проводили методами частичного секвенирования области VP1 генома [9] и реакции нейтрализации в культурах ткани Hep-2 и RD.
Для филогенетического анализа использовали нуклеотидные последовательности ЭВ, представленные в базе данных GenBank под номерами: ЕСНО 6: AF 081322, AY302558, AY896761, EF397649, EF397658, EF397654, FN691461, FJ525901, GU142881, HM897661, HQ674737, HQ897661, JN203712; ECHO 9: AF524866, AM711020, AM711104, AY903640, EU590815, GU393577, JN203737; ECHO 30: AF081340, AF128081, AF128087, AM946183, AJ276815, EF397645, EF397655, EU280292, EU280300, EU280312, GU142905, HQ897647; Коксаки А9: D00627, DQ869798, DQ869837, DQ869846, и полученные в результате молекулярного мониторинга неполиомиелитных ЭВ на территории России в 2008–2011 гг. [2, 10, 11]. Выравнивание нуклеотидных последовательностей и филогенетический анализ осуществляли с использованием программного обеспечения MEGA 5.0 [12]. Филогенетические деревья были построены по алгоритму neighbor-joining с опциями maximum compos...
