Сравнительный анализ профиля кишечной микробиоты матерей и новорожденных при преждевременных и своевременных родах

Цель: Изучить профиль кишечной микробиоты (КМ) родильниц и новорожденных с использованием метода высокопроизводительного секвенирования (NGS) при преждевременных и своевременных родах.
Материалы и методы: Проведено проспективное исследование с участием 30 пар мать-новорожденный. Родильницы и новорожденные были разделены на две группы в зависимости от сроков родоразрешения: I группу составили 15 пар мать-новорожденный со спонтанными преждевременными родами (сПР), срок родов составил 32,8 (2,08) недель, II группу – 15 пар мать-новорожденный со своевременными родами (СР), наступившими в 39,5 (0,98) недель. Изучение видового состава КМ проведено методом NGS.
Результаты: Меконий новорожденных обеих групп не был стерильным, доминирующими микроорганизмами были Acinetobacter и Cutibacterium (семейство Propionibacteriaceae). Ведущими представителями КМ обеих групп родильниц были микроорганизмы рода Bifidobacterium (тип Actinobacteria). Сравнительный анализ профиля КМ матерей и новорожденных обеих групп не выявил статистически значимых различий (p>0,05).
Заключение: Нестерильность мекония, его антенатальная колонизация посредством материнско-плодовой трансмиссии с формированием уникальной микробиоты, должна расцениваться, как новый важный фактор перинатального программирования.

Материнский микробиом признан ключевой детерминантой ряда важных показателей здоровья матери и ребенка, и вместе с другими перинатальными факторами представляет собой базовый аспект фетального программирования [1].

Микробиота кишечника играет плюрипотентную и не до конца изученную роль в норме и при различных патологиях, включая, но не ограничиваясь, иммуномодулирующей функцией (КАЛТ – кишечно-ассоциированная лимфоидная ткань) с формированием колонизационной резистентности [2]. Богатый и разнообразный видовой состав кишечной микробиоты (КМ) ассоциирован с высокой резистентностью против патогенной флоры. В исследовании, проведенном в Норвегии, у матерей, родивших преждевременно, отмечалось более низкое количество Bifidobacterium и Streptococcus. Анализ КМ матери с использованием метагеномного подхода также показал связь скудной КМ со спонтанными преждевременными родами (сПР) [3]. С увеличением срока беременности возрастает видовое разнообразие и общая бактериальная масса мекония, что может быть ассоциировано с увеличением длительности мате­ринско-плодового обмена [4].

Согласно современным представлениям, колонизация кишечника новорожденного начинается уже в антенатальном периоде и имеет принципиальное значение в развитии иммунной системы и метаболизма в целом [5]. Господствовавшая ранее догма о стерильности мекония и потенциально возможном исключительно интра- и постнатальном «заселении» кишечника в настоящее время подвергнута сомнению, как и «парадигма стерильной матки» [6, 7].

Большая часть микроорганизмов из огромного видового разнообразия КМ представлена некультивируемыми формами бактерий, которые не удается «вырастить» на питательных средах, выделить в чистую культуру и изучить их свойства [8]. Для систематизации некультивируемых бактерий применяется термин «филотип», характеризующий некультивируемые микроорганизмы, которые известны только по секвенированной последовательности малой субъединицы 16S рибосомальной РНК (16S рРНК) [9]. В метагеномных исследованиях сообществ микроорганизмов, присутствующих в образце (субстрате), наиболее широкое применение получил данный подход, основанный на сравнении нуклеотидных последовательностей гена, ответственного за синтез 16S рРНК [10]. Однако в последние 2–3 года для определения состава микробных сообществ исследователи стали использовать полную последовательность гена 16S рРНК. Это связано, в первую очередь, со способностью платформ NGS (массивное параллельное/высокопроизводительное секвенирование) осуществлять более длинные чтения, при этом этап клонирования исключается; секвенируются непосредственно амплифицированные фрагменты одновременно из десятков образцов биологического материала [11, 12]. Последовательность гена 16S pРНК и его гипервариабельных регионов уже определена у значительного числа бактерий и доступна в базах данных Greengenes, Ribosomal Database Project (RDP), SILVA [12–14].

Цель исследования: изучить профиль КМ родильниц и новорожденных с использованием метода высокопроизводительного секвенирования (NGS) при сПР и своевременных родах (СР).

Материалы и методы

В ходе проспективного исследования обследованы 30 пар мать-новорожденный. Женщины и новорожденные были разделены на две группы в зависимости от срока беременности при родоразрешении. I группу составили 15 пар мать-новорожденный с сПР в 32,8 (2,08) недель, II группу – 15 пар мать-новорожденный со СР, наступившими в 39,5 (0,98) недель.

Всем пациенткам, включенным в исследование, проводился анализ анамнестических и клинико-лабораторных данных: соматический и акушерско-гинекологический анамнез, оценка течения беременности, стандартная панель лабораторных параметров периферической крови, оценка микробного композиционного состава отделяемого нижнего генитального тракта; методы функциональной и фетометрической оценки состояния плода. По завершении беременности были проанализированы методы родоразрешения и перинатальные исходы. У новорожденных проводилась оценка состояния по шкале Апгар после родов, течения раннего и позднего неонатального периодов, анализировались клинико-лабораторные и инструментальные данные.

Критериями включения в группы сравнения и контроля были одноплодная, спонтанно наступившая беременность; для сПР – срок гестации 280–346 недель; а также наличие добровольного информированного согласия пациентки на участие в исследовании и включение специальных м...

Горина К.А., Ходжаева З.С., Шубина Е., Рогачева М.С., Муминова К.Т., Припутневич Т.В.