Урология №4 / 2017
Видовая структура микроорганизмов, выделенных из мочи при мочекаменной болезни
1 Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, Оренбург, Россия; 2 ФГБОУ ВО «Оренбургский государственный медицинский университет» Минздрава России; 3 Оренбургская областная клиническая больница, Оренбург, Россия
Цель: изучение частоты встречаемости микроорганизмов различных таксономических групп и их ассоциаций в лоханочной и пузырной моче при мочекаменной болезни у взрослых.
Материалы и методы. Исследован бактериальный спектр микрофлоры, выделенной из лоханочной и пузырной мочи у пациентов с мочекаменной болезнью при оперативном лечении, бактериологическим методом и с использованием метагеномного секвенирования.
Результаты. Показано, что микробиота в обоих случаях имела приблизительно одинаковый спектр, однако у 26,1% пациентов установлено ее несоответствие. Метагеномный анализ показал наличие ДНК микроорганизмов в пробах мочи, в которых бактериологическим методом микрофлора не выделена.
Заключение. Полученные данные свидетельствуют о видовом разнообразии микроорганизмов, выделенных из лоханочной и пузырной мочи у больных мочекаменной болезнью при оперативном лечении.
Введение. Результаты анализа отечественной и зарубежной литературы свидетельствуют о том, что мочекаменная болезнь является одной из самых актуальных проблем урологии и медицины в целом [1–3]. Наличие микроорганизмов в лоханке почки после чрескожной нефролитотрипсии может способствовать развитию инфекционно-воспалительных осложнений [4, 5], а также рецидиву заболевания [6]. Антибактериальную терапию, направленную на ликвидацию потенциальных возбудителей инфекций мочевыводящих путей, проводят с учетом результатов посева мочи и антибиотикограммы [7]. Однако ряд авторов указывают на различия в структуре микрофлоры, выделенной из лоханочной и пузырной мочи [8, 9], что может снижать эффективность проводимой терапии, а также на низкую диагностическую значимость бактериологических посевов из мочевого пузыря [10].
В связи с вышеизложенным целью нашего исследования cтало изучение частоты встречаемости микроорганизмов различных таксономических групп и их ассоциаций в лоханочной и пузырной моче при мочекаменной болезни у взрослых.
Материалы и методы. В исследование были включены 252 пациента в возрасте от 23 до 87 лет, средний возраст составил 52 года; из них было 124 мужчины и 128 женщин. Больным выполнено оперативное лечение по поводу камней почек и верхней трети мочеточников в урологическом отделении Оренбургской областной клинической больницы. Конкременты из верхней трети мочеточника смещали в лоханку и удаляли методом чрескожной нефролитотрипсии и литоэкстракции. Все операции заканчивались установкой нефростомического дренажа с закрытой системой. При хирургическом вмешательстве отбирали пробы мочи из почечной лоханки и мочевого пузыря для проведения бактериологического исследования. Пробы мочи доставляли в бактериологическую лабораторию в течение 1–2 часов. Число микроорганизмов в 1 мл мочи (степень бактериурии) определяли методом секторных посевов [11].
Микроорганизмы выделяли в чистой культуре и идентифицировали до вида с использованием тест-систем «Lachema» (Чехия). Генетическое исследование патологического материала (выявление бактериального разнообразия) проводили на базе Центра коллективного пользования «Персистенция микроорганизмов» ИКВС УрО РАН. Для этого образцы мочи объемом 20–50 мл центрифугировали и из полученного осадка методом механической гомогенезации выделяли тотальную ДНК, проводили метагеномное секвенирование выделенных ДНК по 16S-рибосоме с помощью секвенатора II поколения MiSeq (Illumina, США). Каждая полученная последовательность была идентифицирована путем сравнения с последовательностями баз данных GenBank ...
