Динамика становления кишечной микробиоты здоровых доношенных детей в течение первого месяца жизни

Становление микробиоты кишечника является важным этапом у детей первого месяца жизни. Этапность колонизации и запуск каскада иммунологических реакций через рецепторы кишечника является эволюционно обоснованной стратегией адаптации ребенка после рождения. Любые нарушения этой этапности, такие как операция кесарева сечения, искусственное вскармливание, преждевременные роды, приводят к изменениям адаптации, от незначительных нарушений пищеварения до фатально опасных заболеваний (некротизирующий энтероколит (НЭК), сепсис). Поэтому для выявления основных патологических тенденций, предшествующих НЭК, целесообразно сравнение микробиоты кишечника новорожденных детей в разные временные промежутки.
Цель: Оценить динамику изменений состава кишечной микробиоты в течение первого месяца жизни у здоровых доношенных детей. 
Материалы и методы: У доношенных новорожденных, рожденных в ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, изучена микробиота кишечника в трех временных точках: 1-е сутки жизни (первородный кал – меконий), 7-е сутки и 30-е сутки. Исследование проводили методом метагеномного секвенирования 16S рРНК. 
Результаты: Данное исследование показало выраженные отличия микробиоты на первой неделе жизни и к 30-м суткам жизни, что является критическим периодом для развития НЭК у детей. В первую неделю доминировали виды рода Staphylococcus, с постепенным снижением к 7-му и 30-му дням. В то же время наблюдался рост уровня колонизации Escherichia coli, достигая максимума к 30-му дню, что свидетельствует о постепенной колонизации кишечника этим видом. Представленность видов рода Bifidobacterium демонстрирует значимое различие в разных временных точках. К концу первого месяца увеличивался уровень Bifidobacterium animalis, что указывает на начало формирования пробиотической микробиоты. Эти результаты подчеркивают важность раннего периода для формирования микробиоты и возможное влияние этой динамики на иммунное и физиологическое развитие новорожденных.
Заключение: Первые дни жизни новорожденных представляют собой критический период формирования микробиоты кишечника, в ходе которого происходит активный переход от преобладания факультативных анаэробов к доминированию облигатно-анаэробных микроорганизмов. Важным аспектом является своевременная колонизация лакто- и бифидобактериями, что способствует профилактике НЭК. Наблюдаемое увеличение биоразнообразия микроорганизмов по мере роста постнатального возраста свидетельствует о постепенном формировании устойчивого микробиома. 

Вклад авторов: Припутневич Т.В., Зубков В.В., Николаева А.В. – научное руководство, концепция и дизайн исследования; Денисов П.А. – биоинформатический и статистический анализ данных, визуализация, написание текста, интерпретация; Исаева Е.Л., Муравьева В.В., Бембеева Б.О. – подготовка микробиологического материала, написание текста; Шабанова Н.Е., Любасовская Л.А. – написание текста, редактирование; Балашова Е.Н. – сбор данных; Трофимов Д.Ю. – молекулярно-генетические исследования.
Конфликт интересов: Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
Финансирование: Исследование выполнено в рамках государственного задания Минздрава России «Разработка комплексного подхода к диагностике и коррекции дисбиотических нарушений микробиоты кишечника, спровоцированных антибактериальной терапией у новорожденных» (124020600025-2).
Одобрение этического комитета: Исследование одобрено этическим комитетом ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России (выписка из протокола заседания комиссии №03 от 21 марта 2024 г.).
Согласие пациентов на публикацию: У законных представителей всех детей получено информированное согласие на участие в исследовании и публикацию данных. 
Обмен исследовательскими данными: Данные, подтверждающие выводы этого исследования, доступны по запросу у автора, ответственного за переписку, после одобрения ведущим исследователем.
Для цитирования: Припутневич Т.В., Денисов П.А., В.В. Муравьева, Любасовская Л.А., Исаева Е.Л., Шабанова Н.Е., Бембеева Б.О., Трофимов Д.Ю., Балашова Е.Н., Зубков В.В., Николаева А.В. Динамика становления кишечной микробиоты здоровых доношенных детей в течение первого месяца жизни.
Акушерство и гинекология. 2026; 1: 45-54
https://dx.doi.org/10.18565/aig.2025.371

Эволюция человека, его метаболические и сигнальные системы неразрывно связаны с развитием микробиома, как на уровне вида Homo sapiens, так и у отдельных организмов. В связи с этим микробиота человека в настоящее время становится одним из центральных объектов исследований – как в рамках фундаментальной науки, так и прикладных направлений, особенно в клинической медицине. Эти исследования имеют особую актуальность, поскольку микробиом оказывает существенное влияние на иммунитет, обмен веществ и развитие различных заболеваний, а современные методы (такие как полногеномное секвенирование) позволяют все глубже проникать в его структуру и функции, открывая новые перспективы для диагностики и терапии.

Акушерство и неонатология представляют уникальные области для изучения микробиоты человека, позволяя проследить вертикальную (от матери к ребенку) и горизонтальную (от окружающей среды) колонизацию различных биотопов с момента рождения. Это важно для определения роли конкретных видов микроорганизмов в формировании нормоценоза и развитии патологий, а также для выявления предиктивных характеристик состояний микробиоты и ее протективных свойств.

Несмотря на интенсивные исследования, продолжаются дискуссии относительно наличия внутриутробной микробиоты. Помимо отдельных работ, показывающих наличие бактериальных ДНК у плода, в плаценте [1, 2] и полости матки [3, 4], до сих пор не существует однозначных данных о существовании устойчивой внутриутробной микробиоты, характерной для всех плодов вида человека.

Формирование устойчивого микробиома слизистых оболочек и кожи начинается уже при прохождении половых путей матери. Колонизация влагалища и перианальной области запускает серии иммунологических и биохимических реакций и опосредована через толл-подобные рецепторы кишечника новорожденного. Ответ на колонизацию зависит не только от наличия микроорганизмов на поверхности кожи или слизистых, но и от зрелости рецепторного аппарата, его способности распознавать микроорганизмы и инициировать сигнальные пути, а также формировать устойчивую биопленку.

Известно, что сразу после рождения энтероциты у здорового доношенного ребенка незрелые. Их дозревание запускается после активации толл-подобных рецепторов 2 типа, лигандами которых являются структурные компоненты грамположительных бактерий и бактероидов [5, 6]. Если проходит активация толл-подобных рецепторов 4 типа, экспрессия которых повышена у эмбрионов и преждевременно рожденных животных и людей, а их лигандами являются липополисахариды грамотрицательных бактерий, это приводит к запуску воспалительного каскада и развитию некротизирующего энтероколита (НЭК) [6–8]. Положительные эффекты пробиотической терапии при НЭК подтверждены многочисленными исследованиями, однако до сих пор остается неясным, насколько такая терапия позволяет предотвращать развитие этого смертельного заболевания, особенно у глубоко недоношенных детей. Также неизвестно, какие бактерии способны закрепляться и устойчиво колонизировать кишечник с раннего возраста у недоношенных детей, а какие – только до определенного этапа созревания рецепторного аппарата и транзитом проходят через кишечник, не закрепляясь на его поверхности.

Ранее было обнаружено, что лактобациллы способны в высоком титре колонизировать кишечник с рождения детей [9], т.е. рецепторный аппарат способен к их восприятию с рождения, в том числе на ранних сроках гестации, в то время как бифидобактерии и облигатные анаэробы даже на фоне пробиотической терапии бифидобактериями закрепляются в кишечнике лишь к 30-м суткам жизни. Наше исследование посвящено изучению и сравнению колонизации кишечника доношенных новорожденных детей на первом месяце постнатальной жизни методом метагеномного секвенирования 16s рРНК. Это может стать основой для нового подхода к этапности пробиотической терапии и профилактики НЭК у новорожденных.

Цель работы: оценить динамику изменений состава кишечной микробиоты в течение первого месяца жизни у здоровых доношенных детей.

Материалы и методы

Проведено проспективное исследование микробиоты здоровых доношенных новорожденных детей.

Соблюдение этических стандартов. Проведение данного исследования не сопровождалось дополнительными инвазивными манипуляциями у новорожденных; биологический материал получен при естественном опорожнении кишечника детей; исследование проводилось в соответствии с утвержденным протоколом, одобрено этическим комитетом ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России (выписка из протокола заседания комиссии №03 от 21 марта 2024 г.); у законных представителей всех детей получено информированное согласие на участие в исследовании.

У 20 здоровых доношенных новорожденных детей, рожденных в ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, изучена микробиота кишечника в трех временных точках: 1-е сутки жизни (первородный кал – меконий), 7-е сутки и 30-е сутки (соответственно 20, 20, 20 образцов). Кал и меконий собирали в одноразовые стерильные контейнеры и напра...

Припутневич Т.В., Денисов П.А., В.В. Муравьева, Любасовская Л.А., Исаева Е.Л., Шабанова Н.Е., Бембеева Б.О., Трофимов Д.Ю., Балашова Е.Н., Зубков В.В., Николаева А.В.